Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes

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tenericutes
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Annexe 8
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Acholeplasma brassicae[modifier | modifier le wikicode]

abra opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T1. abra opérons, Acholeplasma brassicae
35.8%GC 15.8.19 Paris  45  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
253257..253430 CDS 86 86 58
253517..253601 tac 214
253816..255351 16s 137 1536
255489..255565 atc 88
255654..258507 23s 34 2854
258542..258652 5s 11 111
258664..258740 aac 149
258890..259000 5s 11 111
259012..259088 aac 860 860
259949..260053 CDS 432 35
260486..262021 16s 137 1536
262159..262235 atc 88
262324..265177 23s 34 2854
265212..265322 5s @1 14 111
265337..265412 gta 44 44
265457..265532 aca 11 11
265544..265619 aaa 7 7
265627..265713 tta 8 8
265722..265797 gca 72 72
265870..265946 atgj 7 7
265954..266030 atgi 44 44
266075..266165 tca 8 8
266174..266250 atgf 4 4
266255..266330 gac 11 11
266342..266417 ttc 137 137
266555..267409 CDS 285
 
582446..584125 CDS 49 49 560
584175..584260 ctc 170 170
584431..586110 CDS 560
 
625631..626317 CDS 84 84 229
comp 626402..626476 ggc 66 66
comp 626543..626619 cca 17 17
comp 626637..626713 cga 13 13
comp 626727..626802 gac 149 149
626952..627599 CDS 216
 
633526..634710 CDS 63 63 395
comp 634774..634847 acc 76 76
634924..636651 CDS 576
 
755442..756548 CDS 64 64 369
comp 756613..756688 aag 130 130
756819..757373 CDS 185
 
807788..808216 CDS 108 108 143
808325..808401 aga 216 216
808618..808854 CDS 79
 
829563..829871 CDS 155 155 103
830027..830102 agg 27 27
830130..831458 CDS 443
 
comp 1176200..1176799 CDS 398 398 200
comp 1177198..1177291 tcg 8 8
comp 1177300..1177375 gcc 569 569
comp 1177945..1179252 CDS 436
 
1187918..1188148 CDS 382 382 77
1188531..1188621 tcc 66 66
1188688..1189761 CDS 358
 
comp 1194077..1194568 CDS 206 206 164
comp 1194775..1194859 ttg 10 10
comp 1194870..1196045 CDS 392
 
comp 1251487..1252329 CDS 68 68 281
1252398..1252472 gtc 44 44
comp 1252517..1252873 CDS 119
 
comp 1416224..1416484 CDS 301 301 87
comp 1416786..1416859 tgc 92 92
comp 1416952..1418427 CDS 492
 
comp 1427372..1427890 CDS @2 379 379 173
comp 1428270..1428343 gga 9 9
comp 1428353..1428429 cca 1 1
comp 1428431..1428507 cgt 8 8
comp 1428516..1428591 gaa 73 73
comp 1428665..1429210 CDS 182
 
comp 1431948..1432259 CDS 96 96 104
comp 1432356..1432432 aac 11
comp 1432444..1432554 5s 34 111
comp 1432589..1435442 23s 158 2854
comp 1435601..1437135 16s 432 1535
comp 1437568..1437672 CDS 860 860 35
comp 1438533..1438609 aac 11
comp 1438621..1438731 5s @3 149 111
comp 1438881..1438957 aac 11
comp 1438969..1439079 5s 34 111
comp 1439114..1441967 23s 159 2854
comp 1442127..1443662 16s 431 431 1536
comp 1444094..1444624 CDS 177
 
comp 1532381..1533052 CDS 262 262 224
comp 1533315..1533399 cta 46 46
comp 1533446..1535560 CDS 705
 
comp 1540295..1540534 CDS 171 171 80
comp 1540706..1540780 tgg 47 47
comp 1540828..1541754 CDS 137 137 309
1541892..1541967 cac 63 63
1542031..1542104 caa 37 37
comp 1542142..1542357 CDS 72
 
comp 1716869..1717186 CDS 854 854 106
comp 1718041..1718116 acg 87 87
comp 1718204..1718947 CDS 248
 
comp 1742909..1743664 CDS 487 487 252
comp 1744152..1744227 gaa 109 109
comp 1744337..1744720 CDS 128
 
comp 1747424..1747726 CDS 100 100 101
comp 1747827..1747919 agc 102 102
comp 1748022..1750199 CDS 726

abra cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. abra.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 1 0 1 0 1 100 8 30 0
16 23 5s 0 0 20 5 7 50 7 20 200 13 60 3
16 atc 235 a 2 40 0 0 100 12 40 300 7 90 5
16 23 5s a 2 60 0 2 150 7 60 400 4 120 5
max a 12 80 2 1 200 3 80 500 3 150 2
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 3 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 0 210 3
total aas 19 140 0 0 350 1 140 800 2 240 3
sans opérons 18 160 0 0 400 3 160 900 0 270 2
1 aa 14 180 0 0 450 1 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 1 200 1100 0 330 0
a doubles 0 0 0 4 0 12
total aas 26 8 10 36 0 35 28
total aas 45
remarques 3
avec jaune moyenne 209 254
variance 226 187
sans jaune moyenne 23 22 131 201 148
variance 26 23 101 127 74

abra blocs[modifier | modifier le wikicode]

T1. abra blocs, Acholeplasma brassicae
CDS 86 58
tac 214
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 11 111
aac 149
5s 11 111
aac 860
CDS 432 35
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 14 111
gta 44
 
CDS 96 104
aac 11
5s 34 111
23s 158 2854
16s 432 1535
CDS 860 35
aac 11
5s 149 111
aac 11
5s 34 111
23s 159 2854
16s 431 1536
CDS 177

abra remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra remarques
  • Remarques: comme apal sans doubles mais avec 4 blocs à rRNAs au lieu de 2, 2 de type atc et non atcgca et 2 de type 16s23s5s.
    1. @ séquence de 11 aas d’un bloc à rRNAs de type atc et 2ème bloc de même type avec aac-5s après 5s et tac avant 16s.
    2. @ séquence de 4 aas dans un bloc sans rRNA comme apal, sans doubles. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
    3. @ 2 blocs de type 16s23s5s dont un avec aac-5s après le 5s. Avec le aac du 2ème bloc on a 5 aas aac.
  • Séquences des doubles: aucun double, comme apal. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
  • Code génétique de abra:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 45 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 45 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T1 abra, Acholeplasma brassicae
g1    t1       45  45
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

abra distribution[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, >1aa a un total de 12 dont gac et gaa qui se trouvent dans 2
T1 abra, Acholeplasma brassicae. tenericutes.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
abra 12 * 14 16 1 2 45

abra. Intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. abra. Le génome[modifier | modifier le wikicode]

  • abra Le prélèvement: Artb
  • Le nom et le lien NCBI: abra, Acholeplasma brassicae, NCBI [3], date 13.12.20.
  • abra La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
abra	151,700		1,877,792	8.1
abra données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]
abra données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]
abra autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. abra. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien au tableur: Intergen51. abra les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 abra les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 968 409 12 1,389 5.0 37 3 40
x 269 8 1 278 0 0 0
t 1,237 417 13 1,667 37 3 40
% 74.2 25.0 0.8
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 31 0 0 31 3.1 tRNA-CDS 41 32
x 10 0 0 10 RNA-RNA 37 29
t 41 0 0 41 CDS-rRNA 3 2
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 47 37
- total 128 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.4 22.6 3.2 39.4 6.5 52 0.9 0.0
x 5.2 10.0 0.0 8.9 0.0 25 0.4 0.0

Intergen51. abra. Les diagrammes CDS-CDS positifs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  abra présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abra
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.733	4.99E-06	-2.94E-03	3.19E-01	37.3	fx1	abscisse	891.8	148.9
0.702	-9.40E-06	7.14E-03	-1.73E+00	141.0	fc1	ordonnée	22.0	23.0
								
0.836	-3.39E-07	9.07E-04	-5.14E-01	88.3	fx41			
0.909	1.67E-06	-7.46E-04	-6.27E-02	43.4	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	abra		calculs			poly3	abra
effect	980		R2.21	849		abscis	400
xm	29		pte	14,12		flexa	155
ym	3		cste	3,47		flexo	2,14
x1m	175		r400l	225		xm	35
y1m	1		restp	159,18		sup4	159,7
rfin	33,67		%sd	40,22		sup4t	390,8
bornf	161		lond	146		%	40,9
supd	177,7		%sf	40,26		long	120
supdt	441,8		lonf	132			
xmp	398,98		sf/lf	1,29			
r400	125,51		sr/lr	0,55			
supf	170,1		sd/ld	1,22			
supft	422,4		i.r400	0,56

Intergen51. abra. Les CDS-CDS négatifs[modifier | modifier le wikicode]

Sous-totaux	abra			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	68		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	141		717	10938
 - 5		0	2		5	19
sp6		6	198		1642	8424
total		8	409		2,456	23,544
reste		0	13		264	420
s6		3	0		361	41
s7		0	11		321	1438
s8		3	174		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		-	2.1		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		50.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	5.6		19.5	17.1
s8/sp6		50.0	87.9		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	6.6		16.1	5.0
						
total s1-5	2	211		814	15120
% / total						
%s1-5		25.0	51.6		33.1	64.2
%sp6		75.0	48.4		66.9	35.8

Intergen51. abra. Les intercalaires des blocs[modifier | modifier le wikicode]

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		3	
16s 23s		2			5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		6			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	10			5s 16s			
tRNA hors	8			16s16s			
tRNA 16s	1						
23s tRNA								
tRNA 5s		2						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		37	0		total		3	0
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abra. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc[modifier | modifier le wikicode]

abra intercalaires entre cds[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien NCBI [4]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

abra intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
abra Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 53 -314 342 39 734 197 max50 -99 750 -1818 148 702 253 min60
31 à 400 21 -104 -7.3 42 912 165 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 148 55 - 638 poly 96 tF 223 71 425 poly 277 SF
31 à 400 118 42 - 827 poly 85 tF
  • Légende du tableau, corrélations et faibles fréquences
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
cvi min30 1008 2320 3328 931 858 891 33 434 549 696
abra min10 256 934 1190 874 716 797 81 -163 59 312
myr min20 828 2081 2909 872 649 764 115 -143 41 323
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
112 301 0.37 1171 3111 4 3 59 221 130 815 582
94 413 0.23 279 1388 4 9 29 295 41 420 -243
71 392 0.18 999 2556 5 5 20 110 97 899 -78
  • Diagrammes 400:  abra pmg,   diagramme 1-40: c+ abra   c+ pmg   x+ pmg   total,   texte: pmg.
  • Résumé: C’est le 1er génome sans fréquences faibles, 1-30, sur les 13 que j’ai signalés dans ase et cvi. Son minimum x+ est à la fréquence 10, min10. La conséquence, ce sont 2 tildes forts des diagrammes 31-400. Mais ce génome a la particularité d’avoir une corrélation forte comme ase cvi dans la plage 41-250, en plus de n’avoir quasiment pas de fréquences faibles. Avec des maxima à 70 et 50 et des taux de fréquences faibles élevés, ase et cvi ont entamé déjà la transformation des courbes et des corrélations vers les génomes sans fréquences faibles.
    - Les courbes des diagrammes 400
    • Je n’ai pas représenté le diagramme x+ 31-400, les fréquences faibles ayant très peu d’effectifs pour modifier notablement la courbe de x+ 1-400. Cela sera le cas des 13 génomes sans fréquences faibles.
    • Au minimum local min50 de c+ 1-400, x+ 1-400 présente un maximum local max50.
    • Et toujours la courbe du c+ 1-400 est un SF
    • Il reste 2 tildes forts, tF, pour x+ 1-400 et c+ 31-400 avec respectivement un R2’ de 96 et 85.
    - Les corrélations
    • Comme pmg, avec des effectifs du total sensiblement égaux, 1454 contre 1190, la corrélation 41-250 est forte, 797 contre 802, et chute fortement respectivement à 716 et 728 pour la plage de fréquences 41-200.
    • A cause des fréquences faibles inexistantes les corrélations 1-n sont très faibles en positif ou en négatif au contraire de pmg qui a des taux de fréquences faibles élevés et des corrélations 1-n nettement supérieures à celles du 41-250, autour de 900.
    - Les courbes des diagrammes 1-40
    • Avec un effectif réduit de 41 pour le total des fréquences x+ 1-40, le diagramme et la corrélation c+/x+ sont peu significatifs
    • Malgré un effectif élevé de 420 le diagramme des c+ 1-40 est certes proche du modèle, mieux que celui de pmg, mais reste cependant faible comparé à celui de ade par exemple avec un effectif de 876. La hauteur relative de la bosse à la fréquence 11 diminue, pour les courbes proches du modèle, progressivement entre abra myr et pub avec les effectifs respectifs de 420 899 367.

abra autres intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux
tRNA c+		37
cds x+		10
cds c+		34
ax+		3
ac+		42
misc_b c-	1
ncRNA c-	1
		128
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Acholeplasma palmae J233[modifier | modifier le wikicode]

apal opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal opérons
  • Liens: gtRNAdb [5], NCBI [6], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T2. apal opérons, Acholeplasma palmae J233
29%GC 16.8.19 Paris  35  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
161706..162593 CDS 132 132 296
162726..162816 agc 9 9
162826..162901 gaa 126 126
163028..163522 CDS 165
 
comp 205002..205226 CDS 72 72 75
comp 205299..205373 tgg 73 73
comp 205447..206382 CDS 133 133 312
206516..206591 cac 14 14
206606..206680 caa 34 34
206715..206797 cta 168 168
206966..207208 CDS 81
 
294770..296290 CDS 347 347 507
296638..298160 16s 128 1523
298289..301126 23s 34 2838
301161..301268 5s 51 108
301320..301396 aac 118 118
301515..301835 CDS 107
 
303638..304993 CDS 70 70 452
305064..305139 gaa @1 9 9
305149..305225 cgt 71 71
305297..305373 cca 13 13
305387..305461 gga 86 86
305548..308184 CDS 879
 
326174..327313 CDS 91 91 380
327405..327478 tgc 527 527
comp 328006..328539 CDS 178
 
435096..436751 CDS 48 48 552
436800..436885 ctc 214 214
437100..438890 CDS 597
 
441323..442294 CDS 38 38 324
comp 442333..442407 ggc 100 100
442508..443650 CDS 381
 
443640..444197 CDS 93 93 186
comp 444291..444364 acc 133 133
444498..444695 CDS 66
 
644468..646315 CDS 124 124 616
646440..646516 aga 251 251
646768..647322 CDS 185
 
669786..670511 CDS 45 45 242
670557..670632 cgg 1
670634..670722 tcc 133 133
670856..671359 CDS 168
 
comp 837575..837796 CDS 157 157 74
comp 837954..838029 aag 214 214
838244..838888 CDS 215
 
comp 1172026..1173090 CDS 112 112 355
comp 1173203..1173285 ttg 82 82
comp 1173368..1175038 CDS 557
 
comp 1456398..1457315 CDS 72 72 306
comp 1457388..1457463 gac 40 40
comp 1457504..1458355 CDS 154 154 284
comp 1458510..1458585 ttc 7 7
comp 1458593..1458668 gac 4 4
comp 1458673..1458749 atgf 55 55
comp 1458805..1458895 tca 22 22
comp 1458918..1458994 atgi 4 4
comp 1458999..1459075 atgj 45 45
comp 1459121..1459196 gca 5 5
comp 1459202..1459286 tta 20 20
comp 1459307..1459382 aaa 6 6
comp 1459389..1459464 aca 15 15
comp 1459480..1459555 gta 21
comp 1459577..1459684 5s @2 34 108
comp 1459719..1462556 23s 50 2838
comp 1462607..1462682 gca 6 6
comp 1462689..1462765 atc 110
comp 1462876..1464398 16s 206 1523
comp 1464605..1464688 tac 114 114
comp 1464803..1464973 cds

apal cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. apal.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 2 1 0 0 1 0 1 100 5 30 0
16 23 5s 0 0 20 4 8 50 4 20 200 6 60 1
16 atc gca 1 40 1 1 100 9 40 300 4 90 4
16 23 5s a 1 60 0 2 150 9 60 400 5 120 1
max a 14 80 1 0 200 3 80 500 1 150 0
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 4 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 1 210 2
total aas 15 140 0 0 350 1 140 800 0 240 1
sans opérons 14 160 0 0 400 0 160 900 1 270 1
1 aa 9 180 0 0 450 0 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 0 200 1100 0 330 2
a doubles 0 0 0 1 0 10
total aas 20 6 11 29 0 21 17
total aas 35
remarques 2
avec jaune moyenne 136 307
variance 100 208
sans jaune moyenne 25 17 122 218 177
variance 24 18 68 120 91

apal tRNA-cds[modifier | modifier le wikicode]

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de apal opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
apal	100			69			69			100
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
38	100		72	40		72	40		100	38
45	133		72	73		72	73		72	40
48	214		112	82		86	70		133	45
70	86		70	86		100	38		214	48
72	73		38	100		112	82		86	70
72	40		132	126		132	126		72	73
91	527		45	133		133	45		112	82
93	133		93	133		133	93		527	91
112	82		133	168		168	133		133	93
124	251		48	214		214	48		251	124
132	126		157	214		214	157		132	126
133	168		124	251		251	124		168	133
157	214		91	527		527	91		214	157
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
tenericutes	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
apal		1,453		26		22	3	1		13	9	9	13
‰						846	115	38		1000	692	692	1000

apal blocs[modifier | modifier le wikicode]

T2. apal blocs, Acholeplasma palmae J233
gta 21 CDS 347
5s 34 108 16s 128 1523
23s 50 2838 23s 34 2838
gca 6 5s 51 108
atc 110 aac 118
16s 206 1523 CDS
tac 114
CDS

apal remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal remarques
  • Remarques: un génome avec très peu de tRNAs, 35, mais sont très regroupés, à peine 9 à 1 seul tRNA.
    1. @ séquence de 4 aas sans rRNAs et sans doubles
    2. @ séquence de 11 aas dans bloc à rRNAs et sans doubles. Les 2 blocs à rRNAs ont un aa avant 16s.
  • Séquence des doubles: aucun double malgré une séquence de 11 tRNAs.
  • Code génétique de apal:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 35 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 35 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T2 apal, Acholeplasma palmae J233
g1    t1       35  35
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc gcc 0 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 2 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg

apal distribution[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, +5s a un total de 12 dont 1 gca, 3
    - 9 *, 1aa a un total de 9 dont 1 gac, 2
T2 apal, Acholeplasma palmae J233. tenericutes.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 3 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
apal 9 9 * 12 * 1 4 35

apal. Intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. apal. Le génome[modifier | modifier le wikicode]

  • apal Le prélèvement: Aapal
  • Le nom et le lien NCBI: apal, Alteracholeplasma palmae J233, NCBI [7], date 14.12.21.
  • apal La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
apal	128,786		1,554,229	8.3
apal données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]
apal données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]
apal autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. apal. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien au tableur: Intergen51. apal les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 apal les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 909 294 10 1,213 6.2 25 2 27
x 191 6 0 197 0 0 0
t 1,100 300 10 1,410 25 2 27
% 78.0 21.3 0.7
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 22 0 0 22 3.1 tRNA-CDS 29 30
x 7 0 0 7 RNA-RNA 25 26
t 29 0 0 29 CDS-rRNA 2 2
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 40 42
- total 96 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 4.1 0.0 0.7 38.8 0.0 49 0.8 0.0
x 2.6 14.3 0.0 11.0 0.0 33 0.0 0.0

Intergen51. apal. Les diagrammes CDS-CDS positifs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  apal présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	apal
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.732	5.24E-06	-3.35E-03	4.45E-01	30.40	fx1	abscisse	208.6	103,2	
0.726	-9.14E-06	7.01E-03	-1.72E+00	14.1	fc1	ordonnée	-13.0	30,1
								
0.741	4.33E-06	-2.71E-03	3.13E-01	37.9	fx41	
0.949	1,17E-06	-3,63E-04	-1,48E-01	48.0	fc21
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	apal		calculs			poly3	apal
effect	919		R2.21	875		abscis	400
xm	33		pte	10,95		flexa	131
ym	2,298		cste	2,86		flexo	2,43
x1m	170		r400l	230		xm	28
y1m	1		restp	178,45		sup4	140,7
rfin	41,35		%sd	48,10		sup4t	354,7
bornf	149		lond	137		%	39,7
supd	198,4		%sf	48,72		long	103
supdt	412,4		lonf	116			
xmp	409,14		sf/lf	1,61			
r400	137,11		sr/lr	0,56			
supf	186,6		sd/ld	1,45			
supft	383,0		i.r400	0,60

Intergen51. apal. Les CDS-CDS négatifs[modifier | modifier le wikicode]

Sous-totaux	apal			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	43		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	102		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		4	149		1642	8424
total		6	294		2,456	23,544
reste		0	2		264	420
s6		1	0		361	41
s7		0	7		321	1438
s8		3	140		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	2.4		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		25.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	4.7		19.5	17.1
s8/sp6		75.0	94.0		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	1.3		16.1	5.0
						
total s1-5	2	145		814	15120
% / total						
%s1-5		33.3	49.3		33.1	64.2
%sp6		66.7	50.7		66.9	35.8

Intergen51. apal. Les intercalaires des blocs[modifier | modifier le wikicode]

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		2	
16s 23s		1			5s CDS			
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		1			CDS 23s			
tRNA contig	10			5s 16s			
tRNA hors	7			16s16s			
tRNA 16s	1						
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		25	0		total		2	0
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. apal. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc[modifier | modifier le wikicode]

Int51.31 tenericutes. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs
abra hors abra cont apal hors apal cont
inter aa    inter aa    inter aa    inter aa
66 ggc 44 gta 9 agc 7 ttc
17 cca 11 aca ** gaa 4 gac
13 cga 7 aaa 14 cac 55 atgf
** gac 8 tta 34 caa 22 tca
8 tcg 72 gca ** cta 4 atgi
** gcc 7 atgj 9 gaa 45 atgj
9 gga 44 atgi 71 cgt 5 gca
1 cca 8 tca 13 cca 20 tta
8 cgt 4 atgf ** gga 6 aaa
** gaa 11 gac 1 cgg 15 aca
63 cac ** ttc ** tcc ** gta
** caa
-

tenericutes synthèse[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes distribution par génome
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
abra 12 14 11 1 2 5 45
apal 9 9 11 1 4 1 35
total 21 23 0 22 2 6 0 6 80

tenericutes distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: tenericutes distribution du total
  • Légende:
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Tenericutes. Distribution du total.
tenericutes. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 2
ctc 2 ccc cac 2 cgc 2
gtc 1 gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 2
cta 2 cca 3 caa 2 cga 1
gta 2 gca 2 gaa 4 gga 2
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 21 23 22 66
tenericutes. Distribution du total: +16s +5s <4 -16s
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc
atc 4 acc aac 6 agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 6 2 6 14
tenericutes. indices du 10.01.21 112 génomes
g1 t1 112 3536 0.9  0
atgi 87 tct tat atgf 96
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 8.0 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 2.7
gtg gcg gag ggg 0.9
inter max min total
 

tenericutes distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

Tenericutes. Distribution par type.
tenericutes. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 1
ctc 2 ccc cac cgc
gtc 1 gcc gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga 2
cta 1 cca caa cga
gta gca gaa 1 gga
ttg 2 tcg tag tgg 2
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 1aa 23
tenericutes. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc acc aac agc 1
ctc ccc cac 2 cgc 2
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta 1 cca 3 caa 2 cga 1
gta gca gaa 3 gga 2
ttg tcg 1 tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 21
tenericutes. distribution du type +5s >3
g1    t1          
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga
cta cca caa cga
gta 2 gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 +5s 22

tenericutes par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 7 3 10
16 moyen 13 4 10 6 33
14 fort 3 14 12 6 2 37
23 21 22 6 8 80
10 g+cga 3 2 5
2 agg+cgg 1 1
4 carre ccc 3 1 4
5 autres
7 3 10
total tRNAs ‰
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres tener ‰ ref.‰
21 faible 88 38 125 26
16 moyen 163 50 125 75 413 324
14 fort 38 175 150 75 25 463 650
288 263 275 75 100 80 729
10 g+cgg 38 25 63 10
2 agg+cga 13 13
4 carre ccc 38 13 50 16
5 autres
88 38 125
blocs tRNAs ‰ total colonne %
tener2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 159 68 227 26 30 14
16 moyen 295 91 386 324 57 19
14 fort 68 318 386 650 13 67
523 477 44 729 23 21
10 g+cgg 68 45 114 10
2 agg+cga 23 23
4 carre ccc 68 23 91 16
5 autres
159 68 227

tenericutes, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: tenericutes, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 10.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

tenericutes, calcul des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

ten tenericutes 20 génomes
ten1 cumul des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 20 génomes
g1    t1         
atgi 5 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 5 tcc tac 5 tgc
atc 10 acc aac 11 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 5 ggc
tta 5 tca 5 taa tga
ata aca 6 aaa 7 aga
cta 2 cca caa cga
gta 8 gca 7 gaa 2 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 5 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr20 inter max min total
39 54 0 93
ten2 indices du clade tenericutes du 10.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        0.9   0
atgi 87 tct tat atgf 96
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 8 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 2.7
gtg gcg gag ggg 0.9
gtRNA inter max min total
1396 1371 329 3096
ten3 cumul des -rRNAs de l'annexe tenericutes 2 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 2
ctc 2 ccc cac 2 cgt 2
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 0 tca taa tga
ata aca aaa aga 2
cta 2 cca 3 caa 2 cga 1
gta gca gaa 4 gga 2
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr2 inter max min total
17 17 10 44
ten4 indices des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 25 tct tat atgf 25
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 25 tcc tac 25 tgc
atc 50 acc aac 55 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 25 ggc
tta 25 tca 25 taa tga
ata aca 30 aaa 35 aga
cta 10 cca caa cga
gta 40 gca 35 gaa 10 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 25 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr20 inter max min total
195 270 0 465
ten5 estimation des -rRNA du clade tenericutes pour 100 génomes
g1    t1        0.9   0
atgi 62 tct tat atgf 71
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 79 tcc 40 tac 75 tgc 99
atc 53 acc 71 aac 49 agc 99
ctc 32 ccc 0 cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 77 ggc 56
tta 73 tca 75 taa tga 90
ata 8 aca 73 aaa 86 aga 103
cta 90 cca 99 caa 103 cga 38
gta 65 gca 69 gaa 94 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 69 acg 25 aag 62 agg 22
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 2.7
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0.9
-rRNA inter max min total
1201 1101 349 2651
ten6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 50 tac tgc 100
atc acc 100 aac agc 100
ctc 100 ccc cac 100 cgt 100
gtc 50 gcc 50 gac 100 ggc 100
tta tca taa tga
ata aca aaa aga 100
cta 100 cca 150 caa 100 cga 50
gta gca gaa 200 gga 100
ttg 100 tcg 50 tag tgg 100
atgj acg 50 aag 100 agg 50
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr2 inter max min total
850 850 500 2200

tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - ten7. diff, somme des couleurs de ten7. La différence entre tRNAs est faite entre ten5 et ten6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - ten8. rap, rapport des sommes couleurs ten5/ten2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de ten5 sur celui de ten2.
  • Fréquences des différences en % du tableau ten7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	7	9	1	4	3	2	2	1	0	0	19	0	48
tot ≤ 50						19
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 23% en dessous de celle de la fiche des tenericutes.
tRNAs		fiche		annexe
sans		569		44
avec		93		36
genomes		20		2
indice %	28		22
ten tenericutes 20 génomes
ten7 tenericutes, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 100
att act 100 aat agt
ctt 100 cct cat cgc 100
gtt gct gat ggt 100
ttc 100 tcc 20 tac 100 tgc 1
atc 100 acc 29 aac 100 agc 1
ctc 68 ccc cac 0 cgt 28
gtc 96 gcc 98 gac 23 ggc 44
tta 100 tca 100 taa tga 100
ata 100 aca 100 aaa 100 aga 3
cta 10 cca 34 caa 3 cga 24
gta 100 gca 100 gaa 53 gga 2
ttg 2 tcg 34 tag tgg 0
atgj 100 acg 50 aag 38 agg 56
ctg ccg cag cgg 100
gtg gcg gag ggg 100
diff inter max min total
66 187 441 693
ten8 tenericutes, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi 71 tct tat atgf 74
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 76 tcc tac 75 tgc
atc 51 acc aac 47 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 75 ggc
tta 74 tca 75 taa tga
ata aca 71 aaa 71 aga
cta 90 cca caa cga
gta 62 gca 66 gaa 90 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 73 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
86 80 106 86
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