Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/archeo

Methanobacterium formicicum DSM1535

mfi opérons

• Lien tableur: mfi opérons
• Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
• Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanobacteria; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobacterium.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar1. mfi opérons, Methanobacterium formicicum DSM1535

41.2%GC	17.8.19 Paris	47	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
	157153..157563	CDS		36	36			137
comp	157600..157683	ctc		246	246
	157930..158232	CDS						101
comp	211693..213681	CDS		206	206			663
	213888..213971	tcg		281	281
	214253..215677	CDS						475
comp	314088..314264	CDS		50	50			59
comp	314315..314487	caa	@1	-1	-1
comp	314487..314654	CDS						56
comp	317759..318211	CDS		198	198			151
comp	318410..318494	tcc		177	177
comp	318672..319634	CDS						321
comp	419250..419975	CDS		156	156			242
comp	420132..420204	aac		29	29
comp	420234..420545	CDS						104
comp	466570..467484	CDS		223	223			305
comp	467708..467792	agc		186	186
comp	467979..468294	ncRNA	@2	122	122			316
	468417..469397	CDS						327
	681116..681676	CDS		37	37			187
comp	681714..681786	gcg		195	195
comp	681982..682488	CDS						169
	695936..696538	CDS		939	939			201
comp	697478..697600	5s		305				123
comp	697906..700772	23s		233				2867
comp	701006..701079	gca		87
comp	701167..702646	16s		724	724			1480
	703371..704336	CDS						322
comp	746487..747290	CDS		155	155			268
comp	747446..747518	acc		85		85
comp	747604..747686	tta		303	303
	747990..748163	CDS						58
comp	800615..801820	CDS		43	43			402
comp	801864..801935	caa		72	72
comp	802008..802697	CDS						230
comp	963425..964432	CDS		273	273			336
	964706..964778	aac		5		5
	964784..964857	atgi		58		58
	964916..964990	gaa		53		53
	965044..965127	cta		29		29
	965157..965232	cac		146	146
	965379..965717	CDS						113
comp	974621..974842	CDS		564	564			74
	975407..975480	aag		90		90
	975571..975653	ttg		504		504
	976158..976231	aaa		148	148
comp	976380..976679	CDS						100
comp	1006329..1008095	CDS		397	397			589
	1008493..1008614	5s	@3	748				122
	1009363..1009485	5s		286				123
	1009772..1012638	23s		233				2867
	1012872..1012945	gca		72
	1013018..1014497	16s		454	454			1480
	1014952..1016097	CDS						382
comp	1088211..1088831	CDS		53	53			207
comp	1088885..1089038	tgg	@1	40		40
comp	1089079..1089150	tgc		212	212
comp	1089363..1089746	CDS						128
	1143658..1144137	CDS		166	166			160
comp	1144304..1144610	ncRNA	@2	14	14			307
comp	1144625..1144699	atgf		139	139
comp	1144839..1145162	CDS						108
	1153368..1154087	CDS		56	56			240
	1154144..1154217	aga		62		62
	1154280..1154354	agg		552	552
comp	1154907..1156157	CDS						417
	1247204..1247659	CDS		4	4			152
comp	1247664..1247739	cga		133	133
comp	1247873..1248481	CDS						203
comp	1320721..1321641	CDS		183	183			307
	1321825..1321896	gta		99		99
	1321996..1322067	gtg		228	228
comp	1322296..1323084	CDS						263
comp	1403886..1409507	CDS		351	351			1874
comp	1409859..1409930	cgc		222	222
comp	1410153..1410620	CDS						156
	1532795..1533088	CDS		127	127			98
comp	1533216..1533325	atgj	@1	246	246
	1533572..1534402	CDS						277
	1541929..1542321	CDS		127	127			131
	1542449..1542522	ggg		1	1
comp	1542524..1543528	CDS						335
	1602054..1603277	CDS		257	257			408
	1603535..1603608	aca		76		76
	1603685..1603759	cca		44		44
	1603804..1603877	tac		170		170
	1604048..1604119	gac		7		7
	1604127..1604200	aaa		24	24
	1604225..1604461	CDS						79
	1617553..1617861	CDS		187	187			103
	1618049..1618133	tca		252	252
	1618386..1619444	CDS						353
comp	1692202..1692552	CDS		271	271			117
comp	1692824..1692895	cag		156	156
comp	1693052..1693972	CDS						307
	1887796..1888038	CDS		136	136			81
	1888175..1888257	ctg		193	193
	1888451..1891267	CDS						939
	2057488..2057883	CDS		230	230			132
	2058114..2058184	tgc		143	143
	2058328..2059713	CDS						462
	2128536..2129312	CDS		123	123			259
	2129436..2129509	acg		362	362
comp	2129872..2130963	CDS
comp	2204492..2204932	CDS		178	178			147
	2205111..2205182	gtc		4		4
	2205187..2205259	ttc		283	283
comp	2205543..2205875	CDS						111
	2317208..2317498	CDS		271	271			97
	2317770..2317842	atc		460	460
	2318303..2318863	CDS						187
comp	2414821..2415903	CDS		491	491			361
	2416395..2416468	gcc		303	303
comp	2416772..2417797	CDS						342
comp	2432399..2432848	CDS		537	537			150
	2433386..2433459	ggc		2		2
	2433462..2433535	gga		326	326
comp	2433862..2434263	CDS						134

mfi cumuls

• Lien tableur: mfi cumuls

cumuls. mfi.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1	0	-	1	2	1		100	9	30	0
	16 23 5s 0	0	20	4		50	8	20		200	21	60	3
	16 gca 235	2	40	2		100	3	40		300	10	90	3
	16 23 5s a	0	60	3		150	10	60		400	12	120	10
	max a	1	80	2		200	12	80		500	5	150	7
	a doubles	0	100	3		250	8	100		600	1	180	5
	autres	2	120	0		300	7	120		700	1	210	5
	total aas	2	140	0		350	3	140		800	0	240	2
sans	opérons	29	160	0		400	3	160		900	0	270	4
	1 aa	20	180	1		450	0	180		1000	1	300	1
	max a	5	200	0		500	3	200		1100	0	330	6
	a doubles	0		1			5				1		15
	total aas	45		16	0		64		0		61		61
total aas		47
remarques		3
avec jaune			moyenne	83			224				266
			variance	121			176				265
sans jaune			moyenne	35			178				213		171
			variance	27			96				115		81

mfi tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de mfi opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

mfi	62			52			31			83
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
4	133		50	-1		50	-1		50	-1
14	139		127	1		72	43		127	1
36	246		257	24		127	1		133	4
37	195		156	29		133	4		139	14
43	72		43	72		139	14		257	24
50	-1		4	133		156	29		156	29
53	212		14	139		193	136		246	36
56	552		230	143		195	37		195	37
123	362		273	146		198	177		72	43
127	246		564	148		212	53		212	53
127	1		271	156		223	186		552	56
136	193		198	177		228	183		362	123
155	303		223	186		230	143		246	127
156	29		136	193		246	36		193	136
178	283		37	195		246	127		230	143
183	228		53	212		252	187		273	146
187	252		351	222		257	24		564	148
198	177		183	228		271	156		303	155
206	281		36	246		273	146		271	156
223	186		127	246		281	206		198	177
230	143		187	252		283	178		283	178
257	24		206	281		303	155		228	183
271	156		178	283		351	222		223	186
271	460		155	303		362	123		252	187
273	146		491	303		460	271		281	206
351	222		537	326		491	303		351	222
491	303		123	362		537	326		460	271
537	326		271	460		552	56		491	303
564	148		56	552		564	148		537	326

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

archeo	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
mfi	3,381		58	1	32	20	5		18	14	9	23
‰				17	552	345	86		621	483	310	793

mfi blocs

• Lien tableur: mfi blocs

Ar1. mfi blocs, Methanobacterium formicicum DSM1535

CDS	939	201
5s	305	123
23s	233	2867
gca	87
16s	724	1480
CDS		322
CDS	397	589
5s	748	122
5s	286	123
23s	233	2867
gca	72
16s	454	1480
CDS		382

mfi remarques

• Lien tableur: mfi remarques
• Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
  1. @ Les introns des(gtRNAdb) archées existent pour tgg et atgj tujours. Ici en plus il y a un caa.

     - caa (Join(314315..314349,314448..314487)), l’intron empiète sur le cds d’où l’intercalaire négatif.

     - tgg ( join(1088885..1088919,1089000..1089038)), l’intron mais n’empiète pas sur les cds.

     - atgj Join(1533216..1533251,1533288..1533325), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.

  2. @ Ces ncRNAs sont dans le même cluster, sur le même brin qu’ un tRNA et très proche de lui, agc 186 et atgf 14. Ils sont petits respectivement 316 et 307 pbs.
  3. @ Le 5s collé au cluster du 16sgca23s5s, il se comporte comme un tRNA. Il a une pb de moins que les 2 autres 5s.
• Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca aac aaa caa tgc.
• Tableau du code génétique de mfi

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19

  • - totaux en en-tête, 47 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 47 total du cumul.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar1. mfi, Methanobacterium formicicum DSM1535

g1		t1				47	47
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	1	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg		cag	1	cgg
p gtg	1	p gcg	1	gag		ggg	1

mfi distribution

• Lien tableur: mfi distribution

Ar1. mfi distribution. Methanobacterium formicicum DSM1535. Archée

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	1	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg		cag	1	cgg
p gtg	1	p gcg	1	gag		ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mfi	25	20 *				2	47

mfi. Intergen51

Intergen51. mfi. Le génome

• mfi Le prélèvement: Aapal
• Le nom et le lien NCBI: mfi, Methanobacterium formicicum genome assembly DSM1535, chromosome:chrI, NCBI [3], date 25.9.19.
• mfi La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
mfi	403,834		2,478,074	16.3	

mfi données intercalaires

• Lien tableur: mfi données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aapal

mfi données intercalaires 200

• Lien tableur: mfi données intercalaires 200

mfi autres intercalaires aas

• Lien tableur: mfi autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aapal

Intergen51. mfi. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. mfi les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 mfi les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,516 167 29 1,712 2.7 23 1 24 x 626 5 0 631 0 3 3 t 2,142 172 29 2,343 23 4 27 % 91.4 7.3 1.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 33 1 0 34 1.5 tRNA-CDS 56 64 x 22 0 0 22 RNA-RNA 23 26 t 55 1 0 56 CDS-rRNA 4 5 % 98.2 1.8 0.0 non RNA 4 5 - total 87 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 6.0 2.9 4.2 20.2 5.9 55 1.7 0.0 x 15.8 18.2 40.0 5.8 9.1 20 0.0 0.0

Intergen51. mfi. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  mfi présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	mfi
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.600	2.45E-06	-1.82E-03	3.38E-01	11.20	fx1	abscisse	246.8	164.3
0.837	-1.93E-06	1.64E-03	-5.19E-01	71.0	fc1	ordonnée	20.9	25.1
								
0.646	3.39E-06	-2.51E-03	4.92E-01	1.36	fx41			
0.937	1.27E-06	-6.26E-04	-4.42E-02	43.6	fc41			

• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	mfi		calculs			poly3	mfi
effect	1545		R2.21	686		abscis	400
xm	25		pte	9,85		flexa	187
ym	5		cste	3,48		flexo	2,17
x1m	252		r400l	148		xm	25
y1m	1		restp	175,40		sup4	202,1
rfin	60,19		%sd	32,57		sup4t	514,6
bornf	160		lond	227		%	39,3
supd	202,6		%sf	32,62		long	162
supdt	622,0		lonf	135			
xmp	202,59		sf/lf	1,12			
r400	115,21		sr/lr	0,56			
supf	151,2		sd/ld	0,89			
supft	463,4		i.r400	0,78									

Intergen51. mfi. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	mfi			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	22		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		1	70		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		4	75		1642	8424
total		5	167		2,456	23,544
reste		2	7		264	420
s6		1	0		361	41
s7		0	13		321	1438
s8		1	55		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	3.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		25.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	17.3		19.5	17.1
s8/sp6		25.0	73.3		42.4	77.5
reste/sp6	50.0	9.3		16.1	5.0
						
total s1-5	1	92		814	15120
% / total						
%s1-5		20.0	55.1		33.1	64.2
%sp6		80.0	44.9		66.9	35.8

Intergen51. mfi. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS			2
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	16			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s		1						
total		23	0		total		1	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. mfi. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. mfi. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Voir mfe

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

mja opérons

• Lien tableur: mja opérons
• Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [6]
• Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanococci; Methanococcales; Methanocaldococcaceae; Methanocaldococcus.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar2. mja opérons, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

31.3%GC	17.8.19 Paris	37	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	96499..97053	CDS		372	372			185
comp	97426..97537	atgj	@1	91		91
	97629..97716	ctc		241	241
	97958..99259	CDS						434
comp	110328..111545	CDS		222	222			406
	111768..111852	tga		21	21
	111874..112785	CDS						304
	137244..138245	CDS		98	98			334
comp	138344..138419	gtg		59	59
comp	138479..138781	CDS						101
	153070..154479	CDS		182	182			470
comp	154662..157639	23s		207				2978
comp	157847..157919	gca		64
comp	157984..159463	16s		340	340			1480
	159804..160085	CDS						94
comp	185874..186671	CDS		306	306			266
	186978..187066	tcc		71	71
	187138..187590	CDS						151
	190579..190800	CDS		31	31			74
	190832..190908	ccc		32	32
	190941..191114	CDS						58
comp	214560..215060	CDS		149	149			167
	215210..215297	tta		154	154
	215452..216240	CDS						263
	226386..227639	CDS		64	64			418
comp	227704..227780	gcc		239	239
	228020..229720	CDS						567
	303613..303927	CDS		64	64			105
	303992..304081	tca		230	230
comp	304312..304752	CDS						147
comp	357984..358547	CDS		220	220			188
	358768..358845	aga		23		23
	358869..358943	gaa		164	164
	359108..359923	CDS						272
	359108..359923	CDS		48	48			272
comp	359972..360047	atgf		103	103
comp	360151..361485	CDS						445
	401945..402796	CDS		171	171			284
comp	402968..403044	gtc		229	229
	403274..403834	CDS						187
comp	618311..618757	CDS		402	402			149
comp	619160..619234	tgc		63	63
comp	619298..619915	CDS						206
	636394..637449	CDS		133	133			352
	637583..637659	ttc		7			7
	637667..637742	aac		29			29
	637772..637849	atgi		18			18
	637868..637942	gaa		39			39
	637982..638069	cta		11			11
	638081..638152	cac		295
	638448..639930	16s		64				1483
	639995..640067	gca		207
	640275..643254	23s		78				2980
	643333..643447	5s		56				115
	643504..643761	ncRNA	@2	232	232			258
	643994..644962	CDS						323
	762859..763608	CDS		157	157			250
comp	763766..763842	acc		178		178
	764021..764096	caa		50	50
	764147..764818	CDS						224
	862207..862410	CDS		179	179			68
	862590..862661	cga		41	41
	862703..863392	CDS		86	86			230
	863479..863555	aca		14			14
	863570..863647	cca		8			8
	863656..863732	tac		83			83
	863816..863889	aaa		13
	863903..864017	5s	@3	46				115
	864064..864141	gac		80	80
	864222..864842	CDS						207
	871492..873447	CDS		238	238			652
comp	873686..873763	atc		102	102
comp	873866..875110	CDS						415
comp	882566..883615	CDS		65	65			350
	883681..883754	gta		123	123
comp	883878..884297	CDS						140
comp	1037197..1038504	CDS		39	39			436
comp	1038544..1038620	cgc	@4	1	1
comp	1038622..1039386	CDS						255
comp	1148669..1149934	CDS		210	210			422
	1150145..1150220	ggc		34		34
	1150255..1150330	gga		243	243
	1150574..1151254	CDS						227
comp	1188906..1189772	CDS		172	172			289
	1189945..1190055	tgg	@1	95	95
	1190151..1190684	CDS						178
comp	1312335..1312781	CDS		383	383			149
	1313165..1313249	agc		177	177
	1313427..1314617	CDS						397

mja cumuls

• Lien tableur: mja cumuls

cumuls. mja.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1	0	0	1	1	1		100	4	30	0
	16 23 5s 0	0	20	0	5	50	7	20		200	12	60	1
	16 atc gca	0	40	2	2	100	10	40		300	13	90	2
	16 23 5s a	0	60	0	0	150	5	60		400	6	120	3
	max a	7	80	0	0	200	8	80		500	8	150	4
	a doubles	0	100	1	1	250	10	100		600	1	180	3
	autres	2	120	0	0	300	0	120		700	1	210	5
	total aas	13	140	0	0	350	2	140		800	0	240	3
sans	opérons	20	160	0	0	400	2	160		900	0	270	4
	1 aa	16	180	1	0	450	1	180		1000	0	300	4
	max a	2	200	0	0	500	0	200		1100	0	330	2
	a doubles	0		0	0		0				0		14
	total aas	24		4	8		46		0		45		45
total aas		37
remarques		4
avec jaune			moyenne	82	26		154				269
			variance	71	25		102				137
sans jaune			moyenne	29	18		152				253		194
			variance	8	12		95				117		74

mja blocs

• Lien tableur: mja blocs

Ar2. mja blocs, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

CDS	182
23s	207	2978
gca	64
16s	340	1480
CDS
cac	295
16s	64	1483
gca	207
23s	78	2980
5s	56	115
ncRNA	232	258
CDS
aaa	13
5s	46	115
gac	80
CDS

mja remarques

• Lien tableur: mja remarques
• Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
  1. @ Les introns (gtRNAdb) des archées existent toujours pour tgg et atgj.

     - tgg, Join(1189945..1189984,1190018..1190055), l’ intron mais n’empiète pas sur les cds.

     - atgj, Join(97426..97464,97500..97537), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.

  2. @ Ce ncRNA est dans et sur le même brin que le cluster et très proche de lui, 56 au lieu de 232 avec cds. Il est petit, 258 pbs comme pour mfi.
  3. @ Le 5s est décollé du cluster du 16sgca23s, il se comporte comme un tRNA et est dans leur séquence. C’est pour ça que j’ai ces aas dans la colonne “avec rRNAs”.
  4. @ cgc très collé à ses 2 cds
• Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca gaa.
• Tableau du code génétique de mja

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19

  • - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 37 total du cumul.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar2. mja, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

g1		t1				37	37
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atg	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg	1	p gcg		gag		ggg

mja distribution

• Lien tableur: mja distribution

Ar2. mja distribution, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. Archée

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg	1	p gcg		gag		ggg
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mja	8	16	1	4	6 *	2	37

mja. Intergen51

Intergen51. mja. Le génome

• mja Le prélèvement: Artb
• Le nom et le lien NCBI: mja, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661, NCBI [7], date 09.04.20.
• mja La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
mja	168,865		1,664,970	10.1	

mja données intercalaires

• Lien tableur: mja données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

mja données intercalaires 200

• Lien tableur: mja données intercalaires 200

mja autres intercalaires aas

• Lien tableur: mja autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

Intergen51. mja. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. mja les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 mja les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,058 163 11 1,232 2.5 20 0 20 x 431 56 10 497 0 2 2 t 1,489 219 21 1,729 20 2 22 % 86.1 12.7 1.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 25 0 0 25 1.4 tRNA-CDS 43 43 x 18 0 0 18 RNA-RNA 20 20 t 43 0 0 43 CDS-rRNA 2 2 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 34 34 - total 99 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 1.1 4.0 3.7 39.7 8.0 48 0.9 0.0 x 5.4 0.0 1.8 22.0 0.0 46 2.0 0.0

Intergen51. mja. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  mja présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	mja
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.659	-1.51E-06	1.41E-03	-4.93E-01	71.50	fx1	abscisse	216.0	413.1
0.856	-9.20E-06	7.03E-03	-1.72E+00	143.0	fc1	ordonnée	5.5	0.4
								
0.703	4.80E-06	-3.11E-03	4.71E-01	13.9	fx41			
0.960	-8.15E-07	1.01E-03	-4.38E-01	66.4	fc41			

• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	mja		calculs			poly3	mja
effect	1069		R2.21	738		abscis	250
xm	50		pte	20,35		flexa	134
ym	3,527		cste	4,32		flexo	2,45
x1m	163		r400l	237		xm	35
y1m	1		restp	152,48		sup4	137,9
rfin	11,23		%sd	38,68		sup4t	349,9
bornf	164		lond	113		%	39,4
supd	135,3		%sf	38,68		long	99
supdt	349,9		lonf	114			
xmp	497,66		sf/lf	1,19			
r400	141,25		sr/lr	0,00			
supf	135,3		sd/ld	1,20			
supft	349,9		i.r400	0,60								

Intergen51. mja. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	mja			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	25		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		26	51		717	10938
 - 5		0	2		5	19
sp6		30	85		1642	8424
total		56	163		2,456	23,544
reste		1	6		264	420
s6		19	0		361	41
s7		3	17		321	1438
s8		7	62		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	2.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		63.3	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		10.0	20.0		19.5	17.1
s8/sp6		23.3	72.9		42.4	77.5
reste/sp6	3.3	7.1		16.1	5.0
						
total s1-5	26	78		814	15120
% / total						
%s1-5		46.4	47.9		33.1	64.2
%sp6		53.6	52.1		66.9	35.8

Intergen51. mja. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s			1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		1			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	8			5s 16s			1
tRNA hors	4			16s16s			
tRNA 16s	1						
23s tRNA								
tRNA 5s		1						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		20	0		total		0	2

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. mja. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. mja. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Voir mfe

mja intercalaires entre cds

• Lien NCBI [8] 9.4.20
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

mja intercalaires positifs S+

• Lien tableur: mja intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  mja pmg,   diagramme 1-40: c+ mja   c+ pmg   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Légende du tableau diagrammes 400: voir la légende de cvi.

mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

mja	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	-16	150	-532	77	660	313	min50	-94	719	-1762	147	856	255	min40
31 à 400	47	-300	424	21	711	213	2 parties	-6.2	87	-410	65	964	468	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	154	57	-	582	poly	78	SF	227	71		537	poly	319	SF
31 à 400	115	46	-	623	poly	88	tF	128	44	-	859	poly	105	SF

• Légende du tableau des corrélations

mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
rru	min40	874	2056	2930	829	193	611	418	722	792	861
mja	min30	406	1047	1453	776	326	571	245	844	857	881
ant	min40	601	1616	2217	730	271	538	267	892	886	876
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
169	266	0.64	1037	2749	1	4	71	222	175	630	17
239	405	0.59	495	1234	20	9	113	132	113	474	502
281	485	0.58	714	2381	13	24	116	285	186	836	575

• Diagrammes 400:  mja pmg,   diagramme 1-40: c+ mja   c+ pmg   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Résumé: Ici je ne compare que les 2 génomes mja et pmg en sachant que pub est semblable à pmg. Car mja et pmg se ressemblent beaucoup avec des effectif des diagrammes 400 égaux, 1 454 contre 1453, et un rapport des fréquences faibles c+/x+ presque égaux, 0.59 contre 0.76. Par contre les corrélations à 41-250 sont très différentes, 571 contre 802.

  - La forme des courbes 400: Les 4 courbes de mja sont identiques une à une aux 4 courbes de pmg, seule la force de mja x+ 31-400 est légèrement supérieure, 88, à celle de pmg de la même courbe, 48.

  • Les 2 courbes, c+ 1-400 mja pmg, sont SF avec R2’ 319 368.
  • Les 2 courbes, x+ 1-400 mja pmg, sont SF avec R2’ 78 257.
  • Les 2 courbes x+ 31-400 sont des tildes forts avec un R2’ de mja supérieur à celui de pmg noté quand même tm, 88 contre 48. Les 2 parties sont bien nettes.
  • Les 2 courbes c+ 31-400 sont SF avec R2’ 105 286. Les 2 parties sont bien nettes. Il faut noter que les 2 SF de mja, c+ 31-400 et x+ 1-400, sont plus faibles que ceux de pmg, 105-78 contre 286-257.
  • Les points d’inflexion des SF sont compris entre 255 et 313, 468 pour mja c+ 1-400. Les 2 tildes ont leurs points d’inflexion presque identiques 213 contre 180.

  - Les corrélations des courbes 400: C’est la différence la plus importante entre les 2 génômes.

  • Chez pmg la corrélation 41-250, de 802 chute à 728 pour 41-200 avec une différence de 74. Et mja en parallèle passe de 571 à 326 avec une différence de 245.
  • Par contre les 3 corrélations 1-n se comportent de la même façon chez les 2 génomes, elles augmentent fortement autour de 850 pour mja et 900 pour pmg.

  - Les fréquences faibles 1-30:

  • Elles sont du même ordre de grandeur et dans des rapports x+/c+ élevés: 239/405 pour mja et 326/430 pour pmg, donnant les rapports respectifs 0.58 0.76.
  • Elles sont réparties sur les 2 fréquences 10 20 dans les 4 courbes 1-400 des 2 génomes.
  • Les minima des fréquences faibles: elles sont bien prononcées chez les 2 génomes x+ 1-400 et faiblement chez les 2 aussi dans c+ 1-400.
  • Les fréquences des zéros sont moyens mais plus élevées chez pmg avec 46‰ que chez mja avec 29‰.
  • Les fréquences négatives sont réparties entre x- et c- de la même façon chez les 2 génômes: 128/144 pour ade et 113/132 pour mja.

  - La forme des courbes 1-40:

  • La courbe c+1-40: Les effectifs sont moyens, 449 pour pmg contre 474 pour mja. La courbe de mja est plus proche du total que pmg avec un excès à la fréquence 4. La courbe de pmg est moins nette à cause d’un excès à la fréquence 6. J’ai ajouté pour chaque génome un diagramme sans la fréquence en excès. La courbe de pmg ressemble alors à celle du total.
  • La courbe x+1-40: Les 2 courbes sont différentes du modèle. Il y a un excès à la fréquence 6 et un creux profond à 11, et la bosse du 10 et très petite par rapport au modèle.Il faut que je publie la courbe de mja avec un effectif de 113. Les 2 courbes ont à peu près la même allure décroissante et les mêmes défauts par rapport au modèle.

  - Les corrélations des courbes 1-40: Les corrélations x+/c+ sont fortes pour les 2 génomes ce qui explique l’augmentation chez tous les 2 de celles des 3 plages de fréquences 1-n.

mja autres intercalaires

• Lien tableur: mja autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 15 repeat_region et 1 ncRNA

tRNA-cds 		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
26	20		19	2		15	17		99

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Methanosarcina barkeri str. Fusaro

mba opérons

• Lien tableur: mba opérons
• Liens: gtRNAdb [9], NCBI [10], génome [11]
• Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar3. mba opérons, Methanosarcina barkeri str. Fusaro

39.2%GC	2.2.20 Paris	62	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
	91192..91938	cds		137	137			249		DUF429 domain-containing protein
comp	92076..92160	ctc	+	132		132
comp	92293..92377	ctc	2 ctc	298	298
comp	92676..93476	cds						267		DNA-directed RNA polymerase subunit D
comp	98630..99337	cds		535	535			236		ABC transporter ATP-binding protein
comp	99873..99955	tcc		222	222
comp	100178..101194	cds						339		RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5
comp	146979..147518	cds		80	80			180		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	147599..147670	acc		198	198
comp	147869..148381	cds						171		DUF98 domain-containing protein
comp	199345..200268	cds		492	492			308		aldolase
comp	200761..200833	aac	+	71		71
comp	200905..200979	atgi	2 aac	119		119
comp	201099..201171	aac		964	964
	202136..202366	cds						77		hp
	260990..261532	cds		173	173			181		nitroreductase family protein"
	261706..261777	cgg		673	673
	262451..262960	cds						170		hp
comp	463836..464723	cds		2075	2075			296		polyprenyl synthetase family protein
	466799..466870	gga		94		94
	466965..467049	cta		221	221
comp	467271..468818	cds						516		MBL fold metallo-hydrolase
	473154..473723	cds		298	298			190		hp
comp	474022..474096	gag		246	246
comp	474343..475584	cds						414		proteasome-activating nucleotidase
comp	692109..692987	cds		349	349			293		branched-chain-amino-acid transaminase
	693337..693411	aga		400	400
comp	693812..694420	cds						203		sulfite exporter TauE/SafE family protein
comp	703446..703958	cds		488	488			171		biotin transporter BioY
	704447..704521	agg		283	283
	704805..705284	cds						160		N-acetyltransferase
comp	800463..800642	cds		799	799			60		hp
comp	801442..801526	agc		137	137
comp	801664..801978	ncRNA	@1	327	327			315
	802306..803931	cds						542		methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase
	1109819..1110013	cds		15	15			65		hp
	1110029..1110103	atgf	+	63		63
	1110167..1110241	atgf	3 atg	63		63
	1110305..1110379	atgf		273	273
	1110653..1111984	cds						444		signal recognition particle protein
comp	1134460..1135074	cds		235	235			205		endonuclease III
comp	1135310..1135381	tgc	+	65		65
comp	1135447..1135518	tgc	2 tgc	126	126
comp	1135645..1136277	cds						211		hp
	1137210..1137680	cds		488	488			157		P-bacterioferritin
comp	1138169..1138290	5s		129				122
comp	1138420..1141252	23s		222				2833
comp	1141475..1142963	16s		830	830			1489
	1143794..1145302	cds						503		2-isopropylmalate synthase
comp	1249870..1250040	cds		423	423			57		CopG family transcriptional regulator
comp	1250464..1250537	aag		546	546
	1251084..1251290	cds						69		TRAM domain-containing protein
	1315521..1315691	cds	@2	-12	-12			57		hp
comp	1315680..1315751	cgc		174	174
	1315926..1317110	cds						395		redox-regulated ATPase YchF
<comp	1514831..1515373	cds		1133	1133			181		ArsR family transcriptional regulator
	1516507..1516579	caa		760	760
comp	1517340..1517663	cds						108		hp
comp	1538879..1539286	cds		36	36			136		sensor histidine kinase
comp	1539323..1539395	other	@3	1249	1249			73
>comp	1540645..1540794	cds						50		PKD domain-containing protein
comp	1546247..1547791	cds		576	576			515		aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme
comp	1548368..1548441	aca		448	448
<	1548890..1549093	cds						68		matrixin family metalloprotease
	1550566..1550760	cds		745	745			65		DeoR family transcriptional regulator
comp	1551506..1551579	aca		506	506
	1552086..1552640	cds						185		YkgJ family cysteine cluster protein
	1621639..1622835	cds		433	433			399		methionine adenosyltransferase
	1623269..1623384	tac	@4	112		112
	1623497..1623569	gac		300	300
comp	1623870..1624067	cds						66		hp
	1714788..1715069	cds		154	154			94		hp
comp	1715224..1715295	acg		187	187
comp	1715483..1716493	cds						337		class I SAM-dependent methyltransferase family protein
comp	1755811..1755993	cds		113	113			61		DNA-directed RNA polymerase subunit K
comp	1756107..1756181	ccg	@5	0	0
comp	1756182..1756370	cds						63		DNA-directed RNA polymerase subunit N
	1842058..1842195	cds		16	16			46		hp
comp	1842212..1842285	gtg		717	717
	1843003..1843767	cds						255		peptidase A24
comp	1852573..1852896	cds		1364	1364			108		PadR family transcriptional regulator
comp	1854261..1854338	ccc		198	198
comp	1854537..1855097	cds						187		CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein
comp	1908225..1908989	cds		349	349			255		hp
comp	1909339..1909530	tgg		445	445
>	1909976..1910152	cds						59		nitrogenase reductase
	1926717..1927178	cds		183	183			154		DUF4145 domain-containing protein
comp	1927362..1927445	tcg		125	125
comp	1927571..1928944	cds						458		endonuclease Q family protein
comp	2005431..2007053	cds		2315	2315			541		PKD domain-containing protein
comp	2009369..2009443	cca		199	199
comp	2009643..2010194	cds						184		UbiX family flavin prenyltransferase
comp	2026807..2028456	cds		314	314			550		ATP-dependent DNA ligase
	2028771..2028842	ggg		513	513
comp	2029356..2029766	cds						137		PaaI family thioesterase
	2157926..2158684	cds		567	567			253		hp
	2159252..2159362	atgj		349	349
	2159712..2160225	cds						171		amidohydrolase family protein
comp	2194967..2195302	cds		713	713			112		translation initiation factor eIF-1A
	2196016..2197504	16s		222				1489
	2197727..2200559	23s		129				2833
	2200689..2200810	5s		607	607			122
comp	2201418..2201615	cds						66		hp
>comp	2434335..2434609	cds		603	603			92		nucleoside deaminase
comp	2435213..2435284	gcc		223		223
	2435508..2435584	atc	+	74		74
	2435659..2435735	atc	2 atc	241	241
comp	2435977..2436390	cds						138		transcriptional regulator
	2622097..2624025	cds		1489	1489			643		replication factor C large subunit
	2625515..2625588	gta		1102	1102
	2626691..2626918	cds						76		hp
	2650514..2651296	cds		164	164			261		thiazole biosynthesis protein
	2651461..2651532	cac		218	218
	2651751..2653460	cds						570		radical SAM protein
	2663547..2664668	cds		318	318			374		PGF-pre-PGF domain-containing protein
comp	2664987..2665058	ggc		263	263
	2665322..2666563	cds						414		hp
	2856552..2857409	cds		134	134			286		hp
comp	2857544..2857628	tca		153	153
comp	2857782..2858546	cds						255		peptidylprolyl isomerase
	3326036..3326557	cds		539	539			174		hp
	3327097..3327168	tgc		995	995
	3328164..3328898	cds						245		hp
	3994472..3994921	cds		514	514			150		IS200/IS605 family transposase
comp	3995436..3995529	cga		477	477
	3996007..3996714	cds						236		hp
	4005709..4006026	cds		269	269			106		divalent-cation tolerance protein CutA
	4006296..4006378	ttg		860	860
	4007239..4009012	rpr	@6	169	169			1774		Family CRISPR
comp	4009182..4009478	cds						99		CRISPR-associated endonuclease Cas2
comp	4031590..4031871	cds		1075	1075			94		hp
	4032947..4033019	cag		182	182
comp	4033202..4033765	cds						188		hp
comp	4041205..4041960	cds		96	96			252		MBL fold metallo-hydrolase
	4042057..4042141	tta		375	375
comp	4042517..4044976	cds						820		beta-propeller fold lactonase family protein
comp	4045359..4048274	cds		718	718			972		PKD domain-containing protein
	4048993..4049077	tta		35	35
comp	4049113..4052403	cds		241	241			1097		PGF-pre-PGF domain-containing protein
	4052645..4052729	tta		177	177
comp	4052907..4053395	cds						163		MarR family transcriptional regulator
	4407561..4407830	cds		64	64			90		elongation factor 1-beta
	4407895..4407966	gcg		675	675
comp	4408642..4409715	cds						358		radical SAM protein
comp	4504139..4504300	cds		536	536			54		hp
comp	4504837..4504921	ctg		220	220
comp	4505142..4506050	cds						303		ornithine carbamoyltransferase
comp	4551177..4551851	cds		566	566			225		MBL fold metallo-hydrolase
	4552418..4552491	gtc	+	94		94
	4552586..4552660	ttc	2 gtc	7		7
	4552668..4552739	ggc	2 ttc	61		61
	4552801..4552874	gtc	2 ggc	94		94
	4552969..4553043	ttc		7		7
	4553051..4553122	ggc		717	717
	4553840..4554052	cds						71		MoaD/ThiS family protein
	4617920..4618339	cds		200	200			140		hp
	4618540..4618617	gaa		351	351
	4618969..4619190	cds		377	377			74		hp
	4619568..4619645	gaa		214	214
comp	4619860..4620678	cds						273		hp
	4673041..4673643	cds		289	289			201		adenosylcobinamide amidohydrolase
comp	4673933..4674054	5s		129				122
comp	4674184..4677016	23s		135				2833
comp	4677152..4677224	gca		79
comp	4677304..4678792	16s		1242	1242			1489
	4680035..4680817	cds						261		methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
comp	4759174..4759410	cds		89	89			79		DNA-directed RNA polymerase subunit H
comp	4759500..4759576	aaa		655	655
comp	4760232..4760801	cds						190		DJ-1/PfpI family protein

mba cumuls

• Lien tableur: mba cumuls

cumuls. mba.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	3	1	0	-	1	2	1		100	25	30	0
	16 23 5s 0	2	20	2		50	4	20		200	27	60	7
	16 gca 235	1	40	0		100	4	40		300	21	90	14
	16 23 5s a	0	60	0		150	6	60		400	8	120	8
	max a	1	80	6		200	14	80		500	4	150	5
	a doubles	0	100	3		250	9	100		600	7	180	10
	autres	0	120	2		300	8	120		700	1	210	11
	total aas	1	140	1		350	6	140		800	0	240	4
sans	opérons	44	160	0		400	4	160		900	1	270	10
	1 aa	37	180	0		450	4	180		1000	1	300	4
	max a	6	200	0		500	4	200		1100	1	330	2
	a doubles	6		1			35				0		21
	total aas	61		15	0		100		0		96		96
total aas		62
remarques		6
avec jaune			moyenne	85			457				240
			variance	52			407				194
sans jaune			moyenne	51			210				186		158
			variance	28			98				106		78

mba blocs

• Lien tableur: mba blocs

Ar3. mba blocs, Methanosarcina barkeri str. Fusaro

cds	289	201	adenosylcobinamide amidohydrolase
5s	129	122
23s	135	2833
gca	79
16s	1242	1489
cds		261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
cds	713	112	translation initiation factor eIF-1A
16s	222	1489
23s	129	2833
5s	607	122
cds		66	hp
cds	488	157	P-bacterioferritin
5s	129	122
23s	222	2833
16s	830	1489
cds		503	2-isopropylmalate synthase

mba remarques

• Lien tableur: mba remarques
• Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
  1. @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
  2. @ intercalaire négatif du au changement de sens
  3. @ un autre aa, other
  4. @ 4 introns

     - tac 1623269..1623304,1623349..1623384

     - tgg 1909339..1909374,1909493..1909530

     - atgj 2159252..2159289,2159327..2159362

     - cga 3995436..3995470,3995491..3995529

  5. @ un intercalaire nul sans changement de sens
  6. @ rpr, repeat région famille CRISPR, assez grand 1774 pbs. Dans le même sens que l’aa.
• Séquence des doubles: 6 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas et un triplet.

  - 2 doublets seuls ctc tgc

  - gcc 2atc

  - aac atgi aac

  - 3 atgf

  - 2 (gtc ttc ggc)

• Tableau du code génétique de mba

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20

  • - totaux en en-tête, 62 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 62 total du cumul.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar3. mba, Methanosarcina barkeri str. Fusaro

g1		t1				62	62
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	4
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	3	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atg	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1

• intercalaires élevés avec le cds 43/100

1315680	cgc	-12	comp
1756107	ccg	0	
			
1250464	aag	423	
1623269	tac	433	
1909339	tgg	445	comp
1548368	aca	448	comp
3995436	cga	477	comp
704447	agg	488	comp
1138169	5s	488	comp
200761	aac	492	
1551506	aca	506	comp
2028771	ggg	513	comp
3995436	cga	514	comp
99873	tcc	535	
4504837	ctg	536	
3327097	tgc	539	
1250464	aag	546	comp
4552418	gtc	566	comp
2159252	atgj	567	
1548368	aca	576	
2435213	gcc	603	
2200689	5s	607	comp
4759500	aaa	655	
261706	cgg	673	
4407895	gcg	675	comp
2194967	16s	713	comp
1842212	gtg	717	comp
4553840	ggc	717	
4048993	tta	718	comp
1551506	aca	745	comp
1516507	caa	760	comp
801442	agc	799	
1141475	16s	830	comp
4006296	ttg	860	
201099	aac	964	comp
3327097	tgc	995	
4032947	cag	1075	comp
2625515	gta	1102	
1516507	caa	1133	comp
4677304	16s	1242	comp
1539323	other	1249	
1854261	ccc	1364	
2625515	gta	1489	
466799	gga	2075	
2009369	cca	2315	
moyenne		795	
écart		415	

• intercalaires élevés entre aas

ttc-ggc		7	
ttc-ggc		7	
ggc-gtc		61	
atgf-atgf	63	
atgf-atgf	63	
tgc-tgc		65	
aac-atgi	71	
atc-atc		74	
--	--	
gga-cta		94	
gtc-ttc		94	
gtc-ttc		94	
tac-gac		112	intron
atgi-aac	119	intron
ctc-ctc		132	
gcc-atc		223	

mba distribution

• Lien tableur: mba distribution
• Notes

  - 9 duplicata: atc2 ctc2 atgf3 tgc2

Ar3. mba distribution, Methanosarcina barkeri str. Fusaro. Archée

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	3
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	3	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mba	23 *	37 *				1	61

mba. Intergen51

Intergen51. mba. Le génome

• mba Le prélèvement: Acbn
• Le nom et le lien NCBI: mba, Methanosarcina barkeri str. Fusaro, NCBI [12], date 17.12.20.
• mba La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
mba	1,341,425	4,837,408	27.7

mba données intercalaires

• Lien tableur: mba données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

mba données intercalaires 200

• Lien tableur: mba données intercalaires 200

mba autres intercalaires aas

• Lien tableur: mba autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

Intergen51. mba. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. mba les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 mba les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,358 307 21 2,686 2.1 22 0 22 x 1,234 22 1 1,257 0 6 6 t 3,592 329 22 3,943 22 6 28 % 91.1 8.3 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 48 0 1 49 1.2 tRNA-CDS 90 70 x 40 1 0 41 RNA-RNA 22 17 t 88 1 1 90 CDS-rRNA 6 5 % 97.8 1.1 1.1 non RNA 10 8 - total 128 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 29.7 38.8 2.0 14.9 2.0 50 0.8 2.0 x 42.8 41.5 13.6 2.6 2.4 27 0.1 0.0

Intergen51. mba. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  mba présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	mba
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.351	2.63E-07	-3.94E-04	1.23E-01	6.43	fx1	abscisse	347.8	246.6
0.821	-3.44E-06	2.49E-03	5.76E-01	55.6	fc1	ordonnée	11.0	13.3
								
0.304	6.70E-07	-6.99E-04	1.93E-01	1.78	fx41			
0.739	-7.30E-07	5.40E-04	-1.58E-01	30.4	fc41			

• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	mba		calculs			poly3	mba
effect	2379		R2.21	604		abscis	400
xm	26		pte	5,92		flexa	243
ym	6		cste	2,68		flexo	1,32
x1m	283		r400l	117		xm	45
y1m	1		restp	407,31		sup4	116,9
rfin	297,18		%sd	19,73		sup4t	340,9
bornf	198		lond	257		%	34,3
supd	88,6		%sf	17,40		long	198
supdt	449,3		lonf	172			
xmp	143,34		sf/lf	0,34			
r400	110,13		sr/lr	0,36			
supf	58,4		sd/ld	0,34			
supft	335,4		i.r400	0,94												

Intergen51. mba. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	mba			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	33		4	4140
 - 2		2	0		85	11
 - 3		0	2		3	12
 - 4		3	117		717	10938
 - 5		1	0		5	19
sp6		16	155		1642	8424
total		22	307		2,456	23,544
reste		3	6		264	420
s6		2	7		361	41
s7		2	34		321	1438
s8		9	108		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.5	3.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		12.5	4.5		22.0	0.5
s7/sp6		12.5	21.9		19.5	17.1
s8/sp6		56.3	69.7		42.4	77.5
reste/sp6	18.8	3.9		16.1	5.0
						
total s1-5	6	152		814	15120
% / total						
%s1-5		27.3	49.5		33.1	64.2
%sp6		72.7	50.5		66.9	35.8

Intergen51. mba. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s			3
16s 23s		2			5s CDS			3
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	15			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		22	0		total		0	6

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. mba. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. mba. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Voir mfe

mba intercalaires entre cds

• Lien NCBI [13] 17.12.20
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

mba intercalaires positifs S+

• Lien tableur: mba intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  mba cbei mba 600 ,   diagramme 1-40: c+ mba   c+ cbei   total,   texte: cbei.
• Légende: voir la légende de cvi.

mba. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

mba	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	4.9	-71	219	11	350	483	min10	-50	359	-832	80	823	239	min50
1 à 600	5.8	-62	170	7.4	465	354	2 parties	-6.7	100	-498	10	789	495	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	2	25	-	1	poly	348	tF	104	46		536	poly	287	SF
1 à 600	14	20	-	146	poly	309	tF	80	59	-	580	poly	209	SF

• Légende du tableau des corrélations et des fréquences faibles

mba. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
afn	min10	328	1322	1650	607	-17	108	125	-467	-407	-8
mba	min10	705	1651	2356	154	-330	-221	109	-512	-477	-223
cbei	min10	950	3395	4345	402	-509	-375	134	-649	-648	-290
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
46	402	0.11	350	1688	6	5	11	180	36	580	-369
45	214	0.21	1255	2688	1	8	18	114	51	428	-74
26	244	0.11	1212	4400	0	4	8	89	35	954	272

• Diagrammes 400:  mba cbei mba 600 ,   diagramme 1-40: c+ mba   c+ cbei   total,   texte: cbei.
• Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
  1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
  2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
  3. Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.

  - mba / cbei: mba est un génome bien particulier avec une courbe x+ 1-400 sous forme d’un demi cercle. En fait c’est un tilde très fort, tF, avec un R2’ de 348, mais aussi un R2 très faible de 350 montrant sa grande variabilité. Cbei lui ressemble par ces 2 paramètres mais cbei a un tilde bien dessiné avec un R2’ de 708 et un R2 de 712. J’ai montré que pmq qui est un tilde très fort avec un R2’ de 813 et qui appartient au groupe des tildes réguliers varie beaucoup moins que cbei avec un R2 de 878. Ces 3 génomes ressemblent beaucoup entre eux pour les autres paramètres aussi mais se différencient pour de blo et scc qui ont des taux élevés en faibles fréquences 1-30. La ressemblance de mba avec cbei et non avec pmq est accentuée par le reste des intercalaires (reste) non pris en compte dans les diagrammes x+ 1-400. Le rapport de ce reste pour mba cbei pmq est respectivement 0.75 0.33 0.16. Aussi je vais comparer mba et cbei sur 1-400 et 1-600 pour apprécier mieux la forme des courbes et leurs variabilités.

  - Les diagrammes 400

  • x+ 1-400:

    + Les 2 courbes ont des taux peu élevés des fréquences faibles, 26‰ pour cbei et 45‰ pour mba à comparer à 89‰ de blo. Ensuite leur tilde est fort, 708 (R2 712 4) pour cbei contre 348 (R2 350 1). Les R2 montrent bien la régularité de cbei par rapport à mba, 712 contre 350.

    + Le point d’inflexion est normal pour cbei 269, par conre celui de mba est très élevé 483 du au reste de 527 (reste) non compris dans l’effectif de x- 1-400.

  • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes de formes S fort, SF, avec un R2’ de 213 pour cbei contre 287 et 2 points d’inflexion normaux, 245 pour cbei et 239 pour mba. Les fréquences faibles s’accumulent à la fréquence 20 pour cbei qui est un maximum, alors que pour mba elles sont étalées sur 10 et 20 avec le maximum à 10.
  • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 26‰ pour cbei et 45‰ pour mba.
  • c+ 31-400: La courbe cbei présente le plus faible R2’ des 21 génomes avec 8, ce qui la rend quasiment une droite et je n’arrive pas à distinguer une première partie en bosse comme pour les autres génomes, c’est pour ça que j’ai indiqué 1 partie en commentaire. La courbe de afn est un tilde moyen, tm, R2’ de 45 (904 859). Les points d’inflexion sont aussi différents, il est faible pour afn à 147 et très faible pour cbei à 38.

  - Les corrélations:

  • Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont proches mais négatives, c’est à dire x+ et c+ s’opposent entre elles, -221 pour mba contre -377 pour cbei. Leurs comportements sont semblables quand on passe aux autres plages. Sur 41-200 leurs corrélations chutent avec à peu près la même différence (diff), 109 pour mba contre 133. La chute est aussi forte quand on passe à 1-250, de -221 à -512 pour mba et de -377 à -649 pour cbei.

  - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Pour cbei et mba ils sont très faibles, respectivement 0.11 et 0.21. Les zéros sont à 4‰ pour cbei et 9‰ pour mba, alors que le taux des négatifs est légèrement plus élevé chez mba que chez cbei, 132‰ contre 97‰.

  - Les courbes 1-40:

  • c+ 1-40: La courbe de cbei est très proche de celle du total des c+ 1-40, mais celle de mba en est proche avec le minimum du creux à la fréquence 7 et 8, mais avec un maximum local à 5 et un creux en 12.
  • x+ 1-40: Avec des effectifs de 35 et 51, les courbes ne peuvent pas être significatives.

  - Les diagrammes x+ 1-600: Ces diagrammes affinent la forme des courbes x+ 1-400 en la prolongeant à 600 à cause de nombreux restes (reste) non intégrés pour les 2 génomes, pour mba 705 sont représentés contre 527 en reste et pour cbei 946 contre 262.

  • cbei x+ 1-600: Le tilde se renforce avec R2p R2d R2’ qui passent respectivement de 712 4 708 à 783 344 439. Le R2 de la droite, R2d, devient conséquent à 344 contre 4. La corrélation 41-400 de 395 passe à 651, elle reste faible pour la longueur de la plage 41-600.
  • mba x+ 1-600: La forme devient clairement tilde et se renforce en passant de 350 1 349 à 465 156 309. Le R2 de la droite devient conséquent à 156 contre 1. La variabilité entre cbei et mba est maintenue et passe, en faisant la différence des R2 des tildes cbei-mba, de 712-349 = 363 à 783-465= 318 avec des effectifs qui passent de 946 à 1126 (reste 82 non pris en compte) pour cbei et de 705 à 937 (reste 295 non pris en compte) pour mba. La corrélation 41-400 de 154 passe à 435, elle reste faible pour la longueur de la plage 41-600.

mba autres intercalaires

• Lien tableur: mba autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 2 repeat_region et 3 ncRNA

tRNA-cds 		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
49	46	1	21	1		3	5		126	2 ac+

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Methanosarcina sp. WH1

mfe opérons

• Lien tableur: mfe opérons
• Liens: gtRNAdb [14], NCBI [15], génome [16], %GC 41.80 [17]
• Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina; unclassified Methanosarcina
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar4. mfe opérons, Methanosarcina sp. WH1

40.2%GC	2.2.20 Paris	56	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	38726..40264	cds		698	698			513		2-isopropylmalate synthase
	40963..42450	16s		208				1488
	42659..45491	23s		130				2833
	45622..45743	5s		857	857			122
	46601..47164	cds		102	102			188		hp
	47267..47338	tgc	+	72		72
	47411..47482	tgc	2 tgc	411	411
	47894..48508	cds						205		endonuclease III
comp	71092..72423	cds		384	384			444		signal recognition particle protein
comp	72808..72882	atgf	+	89		89
comp	72972..73046	atgf	2 atgf	234	234
	73281..73472	cds						64		hp
comp	175573..176153	cds		163	163			194		hp
comp	176317..176389	gac		111		111
comp	176501..176614	tac	@1	295	295
	176910..177248	cds						113		hp
comp	214884..215966	cds		801	801			361		hp
comp	216768..216841	aca		150	150
	216992..217582	cds						197		aldolase
comp	372219..373091	cds		558	558			291		hp
comp	373650..373723	gtg		340	340
	374064..374828	cds						255		peptidase A24
comp	379248..381950	cds		1076	1076			901		DNA mismatch repair protein MutS
comp	383027..383104	ccc		193	193
comp	383298..383882	cds						195		CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein
comp	532751..533176	cds		356	356			142		hp
comp	533533..533607	cca		149	149
comp	533757..534308	cds						184		UbiX family flavin prenyltransferase
comp	598666..599850	cds		170	170			395		redox-regulated ATPase YchF
	600021..600092	cgc		341	341
	600434..600868	cds						145		cell surface lipoprotein
	680493..681734	cds		185	185			414		proteasome-activating nucleotidase
	681920..681994	gag		242	242
>	682237..682560	cds						108		p-IS200/IS605 family transposase
	689062..689631	cds		36	36			190		phosphatase PAP2 family protein
comp	689668..689752	cta		73		73
comp	689826..689897	gga		1481	1481
	691379..691483	cds						35		CcmD family protein
comp	793563..795017	cds		111	111			485		p-IS66 family transposase
comp	795129..795213	ctc	+	117		117
comp	795331..795418	ctc	2 ctc	235	235
comp	795654..796454	cds						267		DNA-directed RNA polymerase subunit D
	810088..810471	cds		861	861			128		hp
comp	811333..811415	tcc		123	123
comp	811539..812555	cds						339		RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5
comp	893309..894232	cds		391	391			308		aldolase
comp	894624..894696	aac	+	87		87
comp	894784..894858	atgi	2 aac	110		110
comp	894969..895041	aac		1415	1415
comp	896457..897506	cds						350		TIGR00303 family protein
	949570..950112	cds		208	208			181		nitroreductase family protein
	950321..950392	cgg		498	498
comp	950891..952300	cds						470		NADPH-dependent glutamate synthase
	1088496..1090946	cds		360	360			817		PGF-pre-PGF domain-containing protein
comp	1091307..1091378	gcc		227		227
	1091606..1091682	atc	+	62		62
	1091745..1091818	atc	2 atc	353	353
comp	1092172..1092585	cds						138		transcriptional regulator
	1155736..1156137	cds		210	210			134		AsnC family transcriptional regulator
	1156348..1156425	gaa	+	718		718
	1157144..1157221	gaa	2 gaa	233	233
comp	1157455..1158645	cds	@4					397		ISH3 family transposase
comp	1199367..1200149	cds		967	967			261		methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
	1201117..1202604	16s		80				1488
	1202685..1202757	gca		135
	1202893..1205725	23s		130				2833
	1205856..1205977	5s		5	5			122
comp	1205983..1206231	cds						83		hp
	1207508..1211485	cds		12	12			1326		PAS domain S-box protein
comp	1211498..1211582	ctg		190	190
comp	1211773..1212681	cds						303		ornithine carbamoyltransferase
comp	1220571..1220783	cds		596	596			71		MoaD/ThiS family protein
comp	1221380..1221451	ggc	+	25		25
comp	1221477..1221551	ttc	2 ggc	57		57
comp	1221609..1221682	gtc	2 ttc	71		71
comp	1221754..1221825	ggc	2 gtc	25		25
comp	1221851..1221925	ttc		118		118
comp	1222044..1222117	gtc		358	358
	1222476..1223792	cds						439		methanogenesis marker 16 metalloprotein
	1400830..1401773	cds		914	914			315		helix-turn-helix domain-containing protein
	1402688..1402761	gta		287	287
	1403049..1403276	cds						76		hp
comp	1504221..1505630	cds		686	686			470		F0F1 ATP synthase subunit beta
comp	1506317..1506410	cga		750	750
	1507161..1508039	cds						293		response regulator
	1513245..1513562	cds		213	213			106		divalent-cation tolerance protein CutA
	1513776..1513858	ttg		268	268
>	1514127..1514647	cds						174		p-IS1634 family transposase
	1887880..1888338	cds		392	392			153		pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein
comp	1888731..1888802	ggc		378	378
	1889181..1890518	cds						446		DHH family phosphoesterase
	1962666..1963553	cds		130	130			296		hp
comp	1963684..1963768	tta		235	235
	1964004..1964759	cds						252		MBL fold metallo-hydrolase
	1971331..1971852	cds		319	319			174		hp
comp	1972172..1972244	cag		204	204
comp	1972449..1972850	cds						134		hp
comp	2170713..2172446	cds		156	156			578		radical SAM protein
comp	2172603..2172674	cac		174	174
comp	2172849..2173631	cds						261		thiazole biosynthesis protein
<comp	2320809..2321131	cds		141	141			108		p-IS200/IS605 family transposase
comp	2321273..2321344	gcg		65	65
comp	2321410..2321679	cds						90		elongation factor 1-beta
	2387890..2388675	cds		150	150			262		peptidylprolyl isomerase
	2388826..2388911	tca		326	326
comp	2389238..2389453	cds						72		hp
comp	2678132..2678368	cds		85	85			79		DNA-directed RNA polymerase subunit H
comp	2678454..2678530	aaa		824	824
comp	2679355..2679537	cds						61		hp
	3091524..3091754	cds		271	271			77		hp
comp	3092026..3092147	5s		130				122
comp	3092278..3095110	23s		208				2833
comp	3095319..3096806	16s		839	839			1488
	3097646..3097975	cds						110		translation initiation factor eIF-1A
comp	3153517..3155214	cds		599	599			566		diguanylate phosphodiesterase
comp	3155814..3155923	atgj		799	799
	3156723..3157106	cds						128		tRNA CCA-pyrophosphorylase
comp	3241682..3242944	cds		473	473			421		diaminopimelate decarboxylase
	3243418..3243489	ggg		377	377
	3243867..3244073	cds						69		hp
	3341829..3342017	cds	@2	0	0			63		DNA-directed RNA polymerase subunit N
	3342018..3342092	ccg		112	112
	3342205..3342387	cds						61		DNA-directed RNA polymerase subunit K
	3358176..3359186	cds		533	533			337		class I SAM-dependent methyltransferase family protein
	3359720..3359791	acg		52	52
comp	3359844..3360305	cds						154		peroxiredoxin
comp	3397316..3398947	cds		422	422			544		methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase
	3399370..3399684	ncRNA	@3	149	149			315
	3399834..3399918	agc		230	230
	3400149..3400847	cds						233		ATPase
	3435506..3436918	cds		181	181			471		phosphotransferase
	3437100..3437183	tcg		273	273
	3437457..3437948	cds		870	870			164		rubrerythrin family protein
	3438819..3438989	cds		107	107			57		hp
	3439097..3439289	tgg		42	42
comp	3439332..3439484	cds						51		hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS
	3456114..3456473	cds		260	260			120		hp
comp	3456734..3456805	acc		200	200
comp	3457006..3457518	cds						171		DUF98 domain-containing protein
comp	3583589..3584044	cds		295	295			152		N-acetyltransferase
comp	3584340..3584414	agg		339	339
	3584754..3585317	cds						188		biotin transporter BioY
	3593430..3593861	cds		343	343			144		PspC domain-containing protein
comp	3594205..3594279	aga		348	348
	3594628..3595506	cds						293		branched-chain-amino-acid transaminase
	3603458..3603697	cds		389	389			80		type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin
	3604087..3604159	caa		633	633
comp	3604793..3606301	cds						503		lipopolysaccharide biosynthesis protein
comp	3856073..3856279	cds		402	402			69		TRAM domain-containing protein
	3856682..3856755	aag		498	498
	3857254..3857424	cds						57		CopG family transcriptional regulator

mfe cumuls

• Lien tableur: mfe cumuls

cumuls. mfe.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	3	1	0	-	1	1	1		100	18	30	0
	16 23 5s 0	2	20	0		50	4	20		200	29	60	4
	16 gca 235	1	40	2		100	3	40		300	12	90	14
	16 23 5s a	0	60	1		150	11	60		400	9	120	6
	max a	1	80	4		200	9	80		500	9	150	8
	a doubles	0	100	2		250	10	100		600	5	180	7
	autres	0	120	4		300	7	120		700	0	210	9
	total aas	1	140	0		350	7	140		800	0	240	1
sans	opérons	40	160	0		400	10	160		900	1	270	6
	1 aa	31	180	0		450	3	180		1000	1	300	4
	max a	6	200	0		500	3	200		1100	0	330	3
	a doubles	7		2			20				1		23
	total aas	55		15	0		88		0		85		85
total aas		56
remarques
avec jaune			moyenne	131			376				255
			variance	169			299				210
sans jaune			moyenne	55			223				207		157
			variance	21			108				127		80

mfe tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de mfe opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

mfe	38			28			13			54
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
0	112		107	42		107	42		112	0
12	190		533	52		112	0		190	12
36	1481		141	65		141	65		1481	36
85	824		0	112		174	156		107	42
107	42		861	123		190	12		533	52
111	235		356	149		230	149		141	65
130	235		801	150		233	210		824	85
141	65		156	174		235	111		235	111
149	230		12	190		235	130		861	123
150	326		1076	193		242	185		235	130
156	174		260	200		260	200		230	149
163	295		319	204		268	213		356	149
170	341		149	230		273	181		326	150
181	273		210	233		295	163		801	150
185	242		384	234		319	204		174	156
208	498		111	235		326	150		295	163
210	233		130	235		339	295		341	170
213	268		185	242		341	170		273	181
260	200		213	268		348	343		242	185
295	339		181	273		356	149		1076	193
319	204		914	287		360	353		260	200
343	348		163	295		384	234		319	204
356	149		150	326		392	378		498	208
360	353		295	339		473	377		233	210
384	234		558	340		498	208		268	213
389	633		170	341		498	402		384	234
391	1415		343	348		533	52		914	287
392	378		360	353		558	340		339	295
402	498		596	358		596	358		558	340
473	377		473	377		633	389		348	343
533	52		392	378		750	686		360	353
558	340		208	498		799	599		596	358
596	358		402	498		801	150		473	377
599	799		389	633		824	85		392	378
686	750		686	750		861	123		633	389
801	150		599	799		914	287		1415	391
861	123		85	824		1076	193		498	402
914	287		391	1415		1415	391		799	599
1076	193		36	1481		1481	36		750	686

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

archeo	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
mfe	2,374		78		26	27	14	11	15	11	5	21
‰					333	346	179	141	385	282	128	538

mfe blocs

• Lien tableur: mfe blocs

Ar4. mfe blocs, Methanosarcina sp. WH1

cds	698	513	2-isopropylmalate synthase
16s	208	1488
23s	130	2833
5s	857	122
cds	102	188	hp
cds	967	261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
16s	80	1488
gca	135
23s	130	2833
5s	5	122
cds		83	hp
cds	271	77	hp
5s	130	122
23s	208	2833
16s	839	1488
cds		110	translation initiation factor eIF-1A

mfe remarques

• Lien tableur: mfe remarques
• Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
  1. @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
  2. @ 4 introns

     - tac 176501..176536,176579..176614

     - tgg 3439097..3439134,3439254..3439289

     - atgj 3155814..3155849,3155886..3155923

     - cga 1506317..1506351,1506372..1506410

  3. @ un intercalaire nul sans changement de sens
  4. @ intercalaire très élevé 718 pbs entre 2 aas, le nouveau doublet gaa.
• Séquence des doubles: 7 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas

  - 4 doublets seuls ctc tgc atgf gaa

  - gcc 2atc

  - aac atgi aac

  - 2 (gtc ttc ggc)

  - par rapport à mja un noveau doublet, gaa. Le triplet atgf est changé en doublet. Les autres restent identiques.

• Tableau du code génétique de mfe

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20

  • - totaux en en-tête, 56 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 56 total du cumul.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar4. mfe, Methanosarcina sp. WH1

g1		t1				56	56
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atg	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1

• intercalaires élevés avec le cds 26/88

3856682	aag	402	comp
47411	tgc	411	
3399370	ncRNA	422	comp
3243418	ggg	473	comp
950321	cgg	498	comp
3856682	aag	498	
3359720	acg	533	
373650	gtg	558	
1221380	ggc	596	
3155814	atgj	599	
3604087	caa	633	comp
1506317	cga	686	
40963	16s	698	comp
1506317	cga	750	comp
3155814	atgj	799	comp
216768	aca	801	
2678454	aaa	824	
3095319	16s	839	comp
45622	5s	857	
811333	tcc	861	comp
3438819	cds	870	
1402688	gta	914	
1201117	16s	967	comp
383027	ccc	1076	
894969	aac	1415	
689826	gga	1481	comp

• intercalaires élevés entre aas

ggc-ttc		25
ggc-ttc		25
ttc-gtc		57
atc-atc		62
gtc-ggc		71
tgc-tgc		72
cta-gga		73
aac-atgi	87
atgf-atgf	89
atgi-aac	110
gac-tac		111
ctc-ctc		117
ttc-gtc		118
gcc-atc		227
gaa-gaa		718

mfe distribution

• Lien tableur: mfe distribution

Ar4. mfe distribution, Methanosarcina sp. WH1. Archée

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mfe	24 *	31 *				1	56

mfe. Intergen51

Intergen51. mfe. Le génome

• mfe Le prélèvement: Aapal
• Le nom et le lien NCBI: mfe, Methanosarcina sp. WH1 chromosome, NCBI [18], date 11.12.21.
• mfe La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
mfe	987,074		3,914,091	25.2	

mfe données intercalaires

• Lien tableur: mfe données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aapal

mfe données intercalaires 200

• Lien tableur: mfe données intercalaires 200

mfe autres intercalaires aas

• Lien tableur: mfe autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aapal

Intergen51. mfe. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. mfe les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 mfe les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,994 250 17 2,261 2.1 21 1 22 x 1,066 17 1 1,084 1 5 6 t 3,060 267 18 3,345 22 6 28 % 91.5 8.0 0.5

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 47 0 1 48 1.5 tRNA-CDS 79 65 x 31 0 0 31 RNA-RNA 22 18 t 78 0 1 79 CDS-rRNA 6 5 % 98.7 0.0 1.3 non RNA 15 12 - total 122 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 23.2 25.0 1.2 15.9 0.0 57 0.8 2.1 x 34.9 25.8 17.6 4.4 3.2 29 0.1 0.0

Intergen51. mfe. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  mfe présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	mfe
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.317	1.04E-06	-7.63E-04	1.38E-01	12.80	fx1	abscisse	248.3	329,5	
0.809	-3.02E-06	2.21E-03	-5.36E-01	57.3	fc1	ordonnée	2.4	10,4
								
0.309	8.74E-07	-6.51E-04	1.17E-01	13.6	fx41			
0.884	-1,92E-07	1,90E-04	-1,07E-01	31.9	fc31	

• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	mfe		calculs			poly3	mfe
effect	2011		R2.21	619		abscis	400
xm	32		pte	5,92		flexa	195
ym	5		cste	2,68		flexo	1,70
x1m	283		r400l	117		xm	55
y1m	1		restp	344,11		sup4	90,6
rfin	232,22		%sd	26,98		sup4t	293,4
bornf	217		lond	251		%	30,9
supd	131,0		%sf	24,94		long	140
supdt	485,3		lonf	185			
xmp	170,56		sf/lf	0,53			
r400	111,88		sr/lr	0,49			
supf	98,8		sd/ld	0,52			
supft	396,3		i.r400	0,96			

Intergen51. mfe. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	mfe			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	26		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		4	116		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		12	108		1642	8424
total		17	250		2,456	23,544
reste		3	3		264	420
s6		5	3		361	41
s7		2	22		321	1438
s8		2	80		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		4.0	4.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		41.7	2.8		22.0	0.5
s7/sp6		16.7	20.4		19.5	17.1
s8/sp6		16.7	74.1		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	2.8		16.1	5.0
						
total s1-5	5	142		814	15120
% / total						
%s1-5		29.4	56.8		33.1	64.2
%sp6		70.6	43.2		66.9	35.8

Intergen51. mfe. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s			3
16s 23s		2			5s CDS		1	2
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	14	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		21	1		total		1	5

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. mfe. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocc

• Lien tableur: Intergen51. mfe. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 archeo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

mfe	hors		mfi	hors		mba	hors		mja	hors
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
72	tgc		85	acc		132	ctc		91	atgj
**	tgc		**	tta		**	ctc		**	ctc
89	atgf		5	aac		71	aac		23	aga
**	atgf		58	atgi		119	atgi		**	gaa
111	gac		53	gaa		**	aac		178	acc
**	tac		29	cta		94	gga		**	caa
73	cta		**	cac		**	cta		34	ggc
**	gga		90	aag		63	atgf		**	gga
117	ctc		504	ttg		63	atgf
**	ctc		**	aaa		**	atgf
87	aac		40	tgg		65	tgc
110	atgi		**	tgc		**	tgc
**	aac		62	aga		112	tac		mja	cont
227	gcc		**	agg		**	gac		7	ttc
62	atc		99	gta		223	gcc		29	aac
**	atc		**	gtg		74	atc		18	atgi
718	gaa		76	aca		**	atc		39	gaa
**	gaa		44	cca		94	gtc		11	cta
25	ggc		170	tac		7	ttc		**	cac
57	ttc		7	gac		61	ggc		14	aca
71	gtc		**	aaa		94	gtc		8	cca
25	ggc		4	gtc		7	ttc		83	tac
118	ttc		**	ttc		**	ggc		**	aaa
**	gtc		2	ggc
			**	gga
-

archées synthèse

• Liens aux fiches:   spiro    tener    gama    alpha    beta    delta    epsilon    bacilli    clostridia    autres firmicutes    actino    bactero    cyano    archeo

archées distribution par génome

• Lien tableur: archées distribution par génome
• Notes: -5s et +5s sont inversés et le -16s est d'un seul bloc de 6 aas.

archées distribution par génome

arch	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
mba	14	37				1	9		61
mfe	14	31				1	10		56
mfi	25	20				2			47
mja	8	16	1	4	6	2			37
total	61	104	1	4	6	6	19	0	201

archées distribution du total

• Lien tableur: archées distribution du total
• Liens indices: euryarchaeota
• Notes: Les -5s +5s et -16s sont colorés et correspondent à un seul tRNA du génome mja. Les +16s sont tout les 6 des gca. Les -16s sont d'un seul bloc de 6 aas. Les -5s et +5s sont inversés dans le bloc 4aas-5s-gac.
• Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Euryarcheota. distribution et indices.

Euryarcheota. distribution du total g1    t1          a atgi 4 a tct tat atgf 7 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 4 tac 4 tgc 8 f atc 6 j acc 4 aac 7 agc 4 g ctc 6 f ccc 3 cac 4 cgc 4 h gtc 6 n gcc 4 gac 4 ggc 8 i tta 6 c tca 4 taa tga 1 j ata k aca 5 aaa 5 aga 4 k cta 4 g cca 4 caa 5 cga 4 l gta 4 o gca 6 gaa 7 gga 4 m ttg 3 d tcg 3 tag tgg 4 n atgj 4 l acg 3 aag 3 agg 3 o ctg 3 h ccg 2 cag 3 cgg 2 p gtg 4 p gcg 3 gag 2 ggg 3 arch >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total total 80 104 1 4 6 6 201

Euryarchaeota. indices du 16.1.21 143 génomes g1 t1 143 6935 0  0 a atgi 99 a tct tat atgf 127 b att i act aat agt c ctt 0.7 e cct cat cgt 0.7 d gtt m gct gat ggt 0.7 e ttc 122 b tcc 106 tac 104 tgc 181 f atc 121 j acc 104 aac 122 agc 104 g ctc 122 f ccc 93 cac 101 cgc 102 h gtc 121 n gcc 101 gac 124 ggc 141 i tta 107 c tca 101 taa tga 13 j ata k aca 110 aaa 110 aga 103 k cta 103 g cca 102 caa 108 cga 103 l gta 103 o gca 151 gaa 132 gga 103 m ttg 87 d tcg 87 tag tgg 102 n atgj 101 l acg 90 aag 87 agg 88 o ctg 85 h ccg 78 cag 87 cgg 71 p gtg 91 p gcg 84 gag 84 ggg 79 inter max min total eury

archées distribution par type

• Lien tableur: archées distribution par type
• Notes: Le cyan pour les effectifs élevés des solitaires, le jaune celui des multiples sans duplicata et le blanc, le reste. En rapportant au total de chaque type je constate que les 3 processus sont distincts et se chevauchent très peu, respectivement pour 1aa >1aa duplicata, % 65 61 79.

	1aa		>1aa		duplica	%
	104	%	61	%	19	
jaune	4	4	37	61	0	0
cyan	68	65	7	11	4	21
blanc	32	31	17	28	15	79

Archées. Distribution par type.

Archées. distribution des solitaires g1    t1           a atgi a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 4 tac tgc 3 f atc 2 j acc 2 aac 1 agc 4 g ctc 1 f ccc 3 cac 2 cgc 4 h gtc 1 n gcc 2 gac ggc 2 i tta 5 c tca 4 taa tga 1 j ata k aca 3 aaa 2 aga 2 k cta g cca 2 caa 4 cga 4 l gta 3 o gca gaa 2 gga 2 m ttg 2 d tcg 3 tag tgg 3 n atgj 3 l acg 3 aag 2 agg 2 o ctg 3 h ccg 2 cag 3 cgg 2 p gtg 3 p gcg 3 gag 2 ggg 3 arch 1aa 104

Archées. distribution du type >1aa sans duplicata. g1    t1           a atgi 3 a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 5 b tcc tac 3 tgc 1 f atc j acc 2 aac 5 agc g ctc 1 f ccc cac 1 cgc h gtc 5 n gcc 2 gac 3 ggc i tta 1 c tca taa tga j ata k aca 1 aaa 2 aga 2 k cta 3 g cca 1 caa 1 cga l gta 1 o gca gaa 2 gga 4 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag 1 agg 1 o ctg h ccg cag cgg p gtg 1 p gcg gag ggg arch >1aa 61

Archées. distribution des duplicata g1    t1           a atgi a tct tat atgf 5 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc 4 f atc 4 j acc aac agc g ctc 4 f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa 2 gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg arch dupl 19

archées par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: archées par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cgg, c'est gtg xcg xag ggg cgg (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg chez les archées)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	archeo4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	40	11	4				55
16	moyen	39	16	8			9	72
14	fort	25	34	7	4		4	74
		104	61	19	4		13	201
10	g+cgg	26	2					28
2	agg+cga	6	1					7
4	carre ccc	7	8	4				19
5	autres	1						1
		40	11	4				55
		total tRNAs ‰
	archeo4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	archeo ‰	ref.‰
21	faible	199	55	20				274	26
16	moyen	194	80	40			45	358	324
14	fort	124	169	35	20		20	368	650
		517	303	95	20		65	201	729
10	g+cgg	129	10					139	10
2	agg+cga	30	5					35
4	carre ccc	35	40	20				95	16
5	autres	5						5
		199	55	20				274
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	archeo4	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	217	60	22	299	26	38	18
16	moyen	212	87	43	342	324	38	26
14	fort	136	185	38	359	650	24	56
		565	332	103	184	729	104	61
10	g+cgg	141	11		152	10	65
2	agg+cga	33	5		38		15
4	carre ccc	38	43	22	103	16	18
5	autres	5			5		3
		217	60	22	299		40

euryarchaeota, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: euryarchaeota, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 16.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est iMet, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met iMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

euryarchaeota, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: euryarchaeota, calcul des -rRNAs

eur euryarchaeota 63 génomes

eur1 cumul des +rRNAs de la fiche euryarchaeota pour 63 génomes g1    t1        0  0 a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 2 tac tgc 28 f atc 1 j acc aac agc g ctc f ccc cac 0 cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 3 aga k cta g cca caa cga l gta o gca 87 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 1 agg o ctg h ccg cag cgg 2 p gtg p gcg gag ggg eury63 inter max min total 118 3 3 124	eur2 indices du clade euryarchaeota du 16.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1          a atgi 99 a tct tat atgf 127 b att i act ° aat agt c ctt °0.7 e cct cat cgt 0.7 d gtt m gct gat ggt 0.7 e ttc 122 b tcc 106 tac 104 tgc 181 f atc 121 j acc 104 aac 122 agc 104 g ctc °122 f ccc °93 cac 101 cgc 102 h gtc °121 n gcc °101 gac 124 ggc 141 i tta 107 c tca 101 taa tga °13 j ata ° k aca 110 aaa 110 aga 103 k cta 103 g cca 102 caa 108 cga °103 l gta 103 o gca 151 gaa 132 gga 103 m ttg 87 d tcg °87 tag tgg 102 n atgj 101 l acg °90 aag °87 agg °88 o ctg 85 h ccg °78 cag °87 cgg °71 p gtg °91 p gcg °84 gag °84 ggg °79 gtRNA inter max min total 1757 1612 1480 4848	eur3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 4 génomes g1    t1          a atgi 3 a tct tat atgf 7 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 5 b tcc 4 tac 3 tgc 8 f atc 6 j acc 4 aac 6 agc 4 g ctc 6 f ccc 3 cac 3 cgc 4 h gtc 6 n gcc 4 gac 3 ggc 8 i tta 6 c tca 4 taa tga 1 j ata k aca 4 aaa 4 aga 4 k cta 3 g cca 3 caa 5 cga 4 l gta 4 o gca gaa 6 gga 4 m ttg 3 d tcg 3 tag tgg 4 n atgj 4 l acg 3 aag 3 agg 3 o ctg 3 h ccg 2 cag 3 cgg 2 p gtg 4 p gcg 3 gag 2 ggg 3 eury4 inter max min total 63 66 55 184
eur4 indices des +rRNAs de la fiche euryarchaeota pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 3 tac tgc 44 f atc 2 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 5 aga k cta g cca caa cga l gta o gca 138 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 2 agg o ctg h ccg cag cgg 3 p gtg p gcg gag ggg eury63 inter max min total 187 5 5 197	eur5 estimation des -rRNA du clade euryarchaeota pour 100 génomes g1    t1          a atgi 99 a tct tat atgf 127 b att i act aat agt c ctt 0.7 e cct cat cgc 0.7 d gtt m gct gat ggt 0.7 e ttc 122 b tcc 102 tac 104 tgc 137 f atc 119 j acc 104 aac 122 agc 104 g ctc 122 f ccc 93 cac 101 cgc 102 h gtc 121 n gcc 101 gac 124 ggc 141 i tta 107 c tca 101 taa tga 13 j ata k aca 110 aaa 106 aga 103 k cta 103 g cca 102 caa 108 cga 103 l gta 103 o gca 13 gaa 132 gga 103 m ttg 87 d tcg 87 tag tgg 102 n atgj 101 l acg 90 aag 85 agg 88 o ctg 85 h ccg 78 cag 87 cgg 68 p gtg 91 p gcg 84 gag 84 ggg 79 -rRNA inter max min total 1569 1607 1475 4651	eur6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes g1    t1          a atgi 75 a tct tat atgf 175 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 125 b tcc 100 tac 75 tgc 200 f atc 150 j acc 100 aac 150 agc 100 g ctc 150 f ccc 75 cac 75 cgc 100 h gtc 150 n gcc 100 gac 75 ggc 200 i tta 150 c tca 100 taa tga 25 j ata k aca 100 aaa 100 aga 100 k cta 75 g cca 75 caa 125 cga 100 l gta 100 o gca gaa 150 gga 100 m ttg 75 d tcg 75 tag tgg 100 n atgj 100 l acg 75 aag 75 agg 75 o ctg 75 h ccg 50 cag 75 cgg 50 p gtg 100 p gcg 75 gag 50 ggg 75 eury4 inter max min total 1575 1650 1375 4600

euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - eur7. diff, somme des couleurs de eur7. La différence entre tRNAs est faite entre eur5 et eur6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - eur8. rap, rapport des sommes couleurs eur5/eur2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de eur5 sur celui de eur2.

• Fréquences des différences en % du tableau eur7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100			total
fréquence	1	17	14	10	3	2	0	0	0	0	0	1	48
tot ≤ 50							41							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 10% au dessus de celle de la fiche des archées.

tRNAs		fiche		annexe
sans		2642		184
avec		150		17
genomes		63		4
indice %	42		46

eur euryarchaeota 63 génomes

eur7 euryarchaeota, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 24 a tct tat atgf 28 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 2 tac 28 tgc 32 f atc 20 j acc 4 aac 19 agc 4 g ctc 19 f ccc 19 cac 26 cgc 2 h gtc 19 n gcc 1 gac 39 ggc 29 i tta 29 c tca 1 taa tga 50 j ata k aca 9 aaa 5 aga 3 k cta 27 g cca 27 caa 13 cga 3 l gta 3 o gca 100 gaa 12 gga 3 m ttg 14 d tcg 14 tag tgg 2 n atgj 1 l acg 17 aag 12 agg 15 o ctg 12 h ccg 36 cag 14 cgg 27 p gtg 9 p gcg 11 gag 40 ggg 5 diff inter max min total 361 220 311 832

eur8 euryarchaeota, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 97 tac tgc 75 f atc 99 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc 2 h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 96 aga k cta g cca caa cga l gta o gca 9 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 98 agg o ctg h ccg cag cgg 96 p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 89 100 100 96

Archeo. Intergen51

Intergen51. Archeo. Introduction

Intergen51. Archeo. Formatage des résultats pour 51 génomes

• Lien au tableur:

archées données intercalaires

• Lien tableur: archées données intercalaires
• L'étendue des intercalaires fc+

	total	max1	reste	max2	un
mba	2379	1733	12	2693	2705
mfe	2011	1740	10	2916	4246
mfi	1545	909	8	1722	11130
mja	1069	685	5	859	1019

archées données intercalaires 200

• Lien tableur: archées données intercalaires 200
• contient cvi ade ant

Intergen51. Archeo. Vue de l'ensemble

Intergen51. Archeo. La longueur totale des intercalaires d'un génome

• Note: voir la totale. Deux des archées présentent les taux les plus élevés de cette étude des 51 génomes, plus de 25% les 2 autres sont dans la moyenne des 12%.

Nom	intercalaires	génome			taux en %
archeo					
mba	1,341,425	4,837,408		27.7
mfe	987,074		3,914,091		25.2
mfi	403,834		2,478,074		16.3
mja	168,865		1,664,970		10.1

Intergen51. Archeo. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. Archeo. Les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t5/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

• Note:

Int51.2 Archeo les différents types d'intercalaires entre gènes de 4 génomes

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 6 926 887 78 7 891 2,3 86 2 88 x 3 357 100 12 3 469 2 15 17 t 10 283 987 90 11 360 88 17 105 % 90,5 8,7 0,8

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 153 1 2 156 1,4 tRNA-CDS 268 42 x 112 1 0 113 RNA-RNA 88 14 t 265 2 2 269 CDS-rRNA 17 3 % 98,5 0,7 0,7 non RNA 63 10 total 436 68

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - c 18,3 21,2 2,5 20,1 3,2 52 1,0 1,3 x 30,4 25,9 9,0 6,3 3,6 38 0,3 0,0

Intergen51. Archeo. Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA

archeo								
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s5s		9			CDS 16s		1	7
16s23s		4			5s CDS		1	7
16stRNA		6			16 CDS			
tRNA23s		6			CDS 5s			
5stRNA		1			23s CDS			
tRNAin		0			CDS 23s			1
tRNAcontig	8			5s 16s			1
tRNAhors	49	1		16s16s			
tRNA16s		1						
23stRNA								
tRNA5s		1						
16s5s								
5s23s								
5s5s		1						
total		86	1		total		2	16

Intergen51. Archeo. Les intercalaires rares

• Note:

tRNA-CDS			
gen	x-	c-	c0
mfi		-1	
mba	-12		1
mfe			1
tRNA h	x+		
mfe	227		
5s5s	c+		
mfi	748		
5s16s	x+		
mja	340		

Intergen51. Archeo. Les diagrammes de la totale

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs

• Lien aux archées données intercalaires.
• Diagrammes des archeo:  tar présente 4 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx% fc%, CDS-CDS discontinu continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

  - ftc, tRNA-CDS continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

  - ftx, tRNA-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000				Calculs des f.41 et autres R2 des f.1		
R2	x3		x2		x		c			Inflexion poly3	x	c
0,691	6,84E-07	-5,39E-04	8,70E-02	1,78E+01	fx1	abscisse	250,9	762,1
0,856	-3,86E-06	2,91E-03	-7,27E-01	7,29E+01	fc1	ordonnée	16,3	5,6
										poly3/droite	15,9	-22,9
0,753	1,78E-06	-1,34E-03	2,61E-01	7,03E+00	fx41				
0,976	-9,36E-08	2,14E-04	-1,52E-01	3,86E+01	fc41	R2 f.1		x	c
										Poly 3		691	856
0,578					-0,036		24,9		fx41	Poly 6		761	979
0,940					-0,072		32,0		fc41	Poly 9		774	991
0,575					-0,031		23,8		fx1				
0,623					-0,112		43,1		fc1				

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-CDS négatifs

Intergen51. Archeo. comparaison avec la totale

• Lien aux données intercalaires.

Sous-totaux	archeo			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
-1		0	106		4	4140
-2		3	0		85	11
-3		0	2		3	12
-4		34	354		717	10938
-5		1	2		5	19
sp6		62	423		1642	8424
total		100	887		2 456	23 544
reste		9	22		264	420
s6		27	10		361	41
s7		7	86		321	1438
s8		19	305		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		11,3	3,3		8,4	2,6
% / sp6						
s6/sp6		43,5	2,4		22,0	0,5
s7/sp6		11,3	20,3		19,5	17,1
s8/sp6		30,6	72,1		42,4	77,5
reste/sp6	14,5	5,2		16,1	5,0
						
total s1-5	38	464		814	15120
% / total						
%s1-5		38,0	52,3		33,1	64,2
%sp6		62,0	47,7		66,9	35,8

Intergen51. Archeo. homogénéité des génomes

• Lien aux données intercalaires des génomes
• Homogénéité des génomes:

  - Dans les discontinus mfe mfi mba sont homogènes pour s1-5/sp6 avec 1/4 et mja fait 1/1. Les 4 génomes sont hétérogènes pour le rapport 4/2, 4.0 ? 1.5 (mfe mfi mba) etsupérieur à 25 pour mja. Ils sont aussi hétérogènes pour s6 et s8, peut être homogènes pour s7.

  - Dans les continus les 4 génomes sont homogènes partout sauf mja qui a un rapport 4/1 de 2.0 contre plus de 3 pour les 3 autres. Les continus se distinguent des autres clades par un rapport s1-5/sp6 de 1/1 alors qu'en général il est de 1/4.

négatifs x	mfe	mfi	mba	mja	total
total		17	5	22	56	100
s1-5		5	1	6	26	38
sp6		12	4	16	30	62
rapport s1-5						
4/2		4.0	-	1.5	-	11.3
% / sp6						
s6		42	25	13	63	44
s7		17	0	13	10	11
s8		17	25	56	23	31
reste		25	50	19	3	15
% / total						
s1-5		29	20	27	46	38
sp6		71	80	73	54	62
						
						
négatifs c	mfe	mfi	mba	mja	total
total		250	167	307	163	887
s1-5		142	92	152	78	464
sp6		108	75	155	85	423
rapport s1-5						
4/1		4.5	3.2	3.5	2.0	3.3
% / sp6						
s6		3	0	5	0	2
s7		20	17	22	20	20
s8		74	73	70	73	72
reste		3	9	4	7	5
% / total						
s1-5		57	55	50	48	52
sp6		43	45	50	52	48

Intergen51. Archeo. Les grands négatifs inférieurs à -120

• Voir intergen51

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-rRNA

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-16s

• Lien au tableur: Les diagrammes CDS-16s.
• Les diagrammes

archeo		CDS16sc		CDS16sx		5sCDSc		5sCDSx
R2		-		-		-		-
xs		454		799,8		857		410,4
plage		480		690-990		870		270-630
total-p		1		6		1		5
%		100		86		100		71
queue		0		1		0		1
%		0		14		0		14
tête		0		0		0		1
%		0		0		0		14
max		450;1		720;2		870;1		300;2
total4		1		7		1		7
freq		30		30		30		30

• Les moyennes par génome

Intergen51.archeo. Moyennes CDS-16s

CDS16sx. discontinu CDS16sx moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba 933,3 277,9 3,4 718 835 1247 16,8 156,0 mfe 840,7 134,6 6,2 704 845 973 109,4 63,3 mfi 724 724 226,1 -53,3 mja total 863,7 194,2 4,4 950,1 777,3

CDS16sc. continu CDS16sc moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba     mfe mfi 454 454 mja total 454

Intergen51. Archeo. Les diagrammes 5s-CDS

voir données intercalaires

archeo		5sCDSc		5sCDSx		ftx		ftc
R2		-		-		0,127		0,393
xs		857		410,4		285,9		138,7
plage		870		270-630		40-250		40-300
total-p		1		5		48		102
%		100		71		43		65
queue		0		1		59		46
%		0		14		53		29
tête		0		1		4		5
%		0		14		4		3
max		870;1		300;2		250;5		200;9
total4		1		7		112		156
freq		30		30		10		10

Intergen51.archeo. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

• Lien tableur: Intergen51.archeo. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.
• Légende: Voir bacilli.
• Note: Sommes des différences ft*-f*, positives et négatives, dans les tableaux correspondants

ftx-fx	92,7		ftc-fc	127,4
ftx-fx	-1,7		ftc-fc	-19,6

Intergen51.Archeo Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

ftx. tRNA-CDS discontinu ftx moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas mba 330,2 153,1 2,2 2 7 -10,0 68,2 mfe 305,4 135,0 2,3 2 4 14,7 43,5 mfi 308,7 139,6 2,2 4 0 11,5 46,7 mja 186,2 87,9 2,1 0 0 134,0 -75,7 total 291,1 143,0 2,0 ++ 320,2 262,0	5sCDSx. 5s-CDS discontinu 5sCDSx moyenne écart m/e intercalaires  - mba 461,3 160,7 2,9 289 488 607 mfe 138,0 188,1 0,7 5 271 mfi 397 397 *939 mja total 342,8 207,8 1,6 ++ 377,1 308,6 -
ftc. tRNA-CDS continu ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas mba 310,9 175,0 1,8 2 8 -43,6 92,2 mfe 273,3 156,2 1,7 0 5 -5,9 54,5 mfi 182,8 91,0 2,0 2 0 84,5 -35,9 mja 144,0 102,3 1,4 5 0 123,4 -74,8 total 243,1 154,5 1,6 ++ 267,4 218,7	5sCDSc. 5s-CDS continu 5sCDSc moyenne écart m/e intercalaires  - mba mfe 857 *857 mfi mja total 857 ++ 857 -
fx. CDS-CDS discontinu fx moyenne écart m/e ftx-fx Sup 700 haut bas mba 314,0 172,6 1,8 16,2 229 -11,9 66,8 mfe 288,4 170,2 1,7 17,0 140 13,6 41,3 mfi 237,1 143,2 1,7 71,5 15 64,9 -10,0 mja 185,1 127,3 1,5 1,1 0 116,9 -62,0 total 274,6 166,7 1,65 16,5 ++ 302,0 247,1	fc. CDS-CDS continu fc moyenne écart m/e ftc-fc Sup 700 haut bas mba 277,8 177,6 1,6 33,1 280 -24,7 70,7 mfe 251,2 165,9 1,5 22,1 183 2,0 44,1 mfi 181,7 123,9 1,5 1,1 17 71,4 -25,4 mja 136,8 87,6 1,6 7,2 5 116,4 -70,3 total 230,2 161,7 1,42 12,9 ++ 253,2 207,1

Intergen51. Archeo. Les CDS-rRNA rares

• CDS 23s x, 182.

Intergen51. Archeo. Les diagrammes RNA-RNA

Intergen51. Archeo. Les diagrammes rRNA-rRNA

• Lien au tableur: Les diagrammes rRNA-rRNA.

archeo		16s23s		16stRNA		tRNA23s		23s5s
R2		-		-		-		-
xs		202,5		76,0		185,8		110,6
plage		180-220		60-100		100-240		60-180
total-p		4		6		6		25
%		100		100		100		100
queue		0		0		0		0
%		0		0		0		0
tête		0		0		0		0
%		0		0		0		0
max		220;2		100;3		220;2		80;8
total8		4		6		6		25
freq		20		20		20		20

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-rRNA

• Lien au tableur: Les diagrammes tRNA-rRNA.

Intergen51.archeo. Moyennes rRNA-RNA

16s23s. 16s23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba 209 2x209       13,8 26,8 mfe 196 2x196 26,8 13,8 mfi mja total 202,5 7,5 27,0 222,8 182,3	23s5s. 23s5s moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba 74 3x74    62,0 -37,3 mfe 74 3x74 62,0 -37,3 mfi 295,5 13,4 22,0 286 305 -159,5 184,2 mja 78 78 58,0 -33,3 total 123,7 97,5 1,3 136,0 111,3
16stRNA. 16stRNA moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba 85 85    -1,4 16,6 mfe 84 84 -0,4 15,6 mfi 79,5 10,6 7,5 72 87 4,1 11,1 mja 64 2x64 19,6 -4,4 total 76,0 10,7 7,1 83,6 68,4	tRNA23s. tRNA23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas mba 116 116       88,4 -51,2 mfe 119 119 85,4 -48,2 mfi 233 2x 233 -28,6 65,8 mja 207 2x 207 -2,6 39,8 total 185,8 54,2 3,4 204,4 167,3

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-tRNA

• Lien au tableur: Les diagrammes tRNA-tRNA.

Les diagrammes

type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	restes	hors	tRNA 5s	5stRNA
hors		12	24	0,142	140	49	4	227		178	13	80
5s tRNA		0				1	1			223		
tRNA 5s		1				1	1			504		tRNA contig
tRNA contig	7	87		40	8	1			718		83

Les pourcentages des tRNA-tRNA hors blocs

tRNA h		mba	mja	mfi	mfe	total	%
20		2		4	0	6	12.2
40			2	2	2	6	12.2
60				3	1	4	8.2
80		6		2	4	12	24.5
100		3	1	3	2	9	18.4
120		2			4	6	12.2
140		1				1	2.0
160							
180			1	1		2	4.1
200							
220							
240		1				1	2.0
260							
restes				1	1	2	4.1
total		15	4	16	14	49	100.0
							
repete		4	0	0	5	9	26
séquence	2	0	0	2	4	11
sans		2	9	9	2	22	63
clusters	8	9	9	9	35	100
							
5						0	0
10		2		3		5	10.2
15				1		1	2.0
20						0	0

Les moyennes par génome

Intergen51.archeo. Moyennes tRNA-tRNA

mja mja moyenne écart m/e total S60% sup120 haut bas 5stRNA 80 1 100 tRNA in - 0 tRNA cont 26,1 25,5 1,0 8 88 0 - -

tRNA hors cluster tRNA hors moyenne écart m/e total S60% sup120 haut bas mba 71,1 34,2 2,1 15 13 2 -0,9 13,7 mfe 78,2 31,4 2,5 14 21 1 -8,1 20,8 mfi 46,7 33,8 1,4 16 56 2 23,5 -10,7 mja 49,3 36,5 1,4 4 50 20,8 -8,1 total 63,8 35,0 1,8 49 33 5 70,2 57,4

Intergen51. Archeo. Les RNA-RNA rares

• tRNA hors x+, mfe 227.
• tRNA 16s c+, 295.
• 5s5s c+, 748